La differenza fondamentale tra somiglianza e identità nell'allineamento della sequenza è che la somiglianza è la somiglianza (somiglianza) tra due sequenze a confronto mentre l'identità è il numero di caratteri che corrispondono esattamente tra due sequenze diverse.
La bioinformatica è un campo interdisciplinare della scienza che coinvolge principalmente la biologia molecolare e la genetica, l'informatica, la matematica e la statistica. L'allineamento di sequenza è un termine importante in bioinformatica. È la procedura in cui le sequenze di DNA, RNA o proteine sono disposte per identificare regioni di somiglianza che sono una conseguenza della relazione funzionale, strutturale o evolutiva tra le sequenze. Al termine dell'allineamento, verranno presentati come righe all'interno di una matrice. Per allineare i caratteri identici in colonne successive, sono presenti spazi inseriti tra i residui.
Cos'è la somiglianza?
La somiglianza nell'allineamento delle sequenze è la somiglianza tra due sequenze confrontate. Questo fatto dipende dall'identità delle sequenze. La somiglianza descrive la misura in cui i residui sono allineati. Quindi, sequenze simili contengono proprietà simili. In bioinformatica, la somiglianza è uno strumento per valutare la somiglianza tra due proteine.
Figura 01: Somiglianza nell'allineamento delle sequenze
Ci sono due passaggi principali per il processo di allineamento in sequenza. Il passaggio iniziale è l'allineamento a coppie, che aiuta a trovare l'allineamento ottimale tra due sequenze (compresi gli spazi vuoti) utilizzando algoritmi come BLAST, FastA e LALIGN. L'algoritmo di corrispondenza trova il numero minimo di operazioni di modifica; in-dels e sostituzioni per allineare una sequenza all' altra sequenza. Dopo l'allineamento a coppie, è necessario ottenere due parametri quantitativi da ciascun confronto a coppie. Sono identità e somiglianza.
Cos'è l'identità?
L'identità nell'allineamento della sequenza è il numero di caratteri che corrispondono esattamente tra due diverse sequenze. Quindi, le lacune non contano quando si valuta l'identità. La misura è considerata relazionale alla sequenza più breve tra le due sequenze. Implica in modo significativo che ha l'effetto laddove l'identità della sequenza non è transitiva. Se X=Y e Y=Z, allora X non è necessariamente uguale a Z. Questo si deduce in termini di misura della distanza di identità.
Figura 02: Identità nell'allineamento della sequenza
Ad esempio, X ha una sequenza di AAGGCTT, Y ha una sequenza di AAGGC e Z ha una sequenza di AAGGCAT. L'identità tra X e Y è 100% {5 nucleotidi identici / min[lunghezza(X), lunghezza(Y)]}. Anche l'identità tra Y e Z è del 100%. Ma l'identità tra X e Z è solo dell'85% {(6 nucleotidi identici / 7)}.
Quali sono le somiglianze tra somiglianza e identità nell'allineamento della sequenza?
- Sia somiglianza che identità sono due termini che usiamo in allineamento di sequenza.
- Inoltre, si riferiscono alla somiglianza tra le due sequenze.
- Inoltre, li esprimiamo come valore percentuale.
Qual è la differenza tra somiglianza e identità nell'allineamento della sequenza?
La somiglianza nell'allineamento indica la somiglianza tra due sequenze quando vengono confrontate mentre l'identità nell'allineamento della sequenza indica la quantità di caratteri che corrispondono esattamente tra due sequenze diverse. Pertanto, questa è la differenza chiave tra somiglianza e identità nell'allineamento della sequenza.
Riepilogo – Somiglianza vs identità nell'allineamento della sequenza
L'allineamento delle sequenze aiuta a identificare le regioni di somiglianza nel DNA, nell'RNA o nelle proteine risultanti dalla relazione funzionale, strutturale o evolutiva tra le sequenze. Quindi, somiglianza e identità sono due termini chiave nel contesto dell'allineamento delle sequenze. La differenza fondamentale tra questi due termini è che la somiglianza è la somiglianza tra due sequenze a confronto mentre l'identità è il numero di caratteri che corrispondono esattamente tra due sequenze diverse. Quindi, questo è il riassunto della differenza tra somiglianza e identità nell'allineamento della sequenza.
