La differenza fondamentale tra il sequenziamento gerarchico del fucile a pompa e l'intero genoma è che nel sequenziamento gerarchico del fucile il genoma viene suddiviso in frammenti più grandi prima del sequenziamento mentre, nel sequenziamento del fucile a pompa dell'intero genoma, l'intero genoma viene suddiviso in piccoli frammenti per il sequenziamento.
Il sequenziamento è una tecnica importante nei processi molecolari, specialmente nell'identificazione accurata delle specie. In effetti, è la tecnica per identificare l'ordine preciso dei nucleotidi in un gene o in un genoma. Ci sono molte tecniche per il sequenziamento. Alcuni di questi includono il metodo Maxam Gilbert, il metodo Sanger e il metodo Sanger automatizzato.
Cos'è il sequenziamento gerarchico dei fucili?
Il sequenziamento gerarchico del fucile è un metodo di sequenziamento. Viene anche chiamato "sequenziamento top-down". Inoltre, questo metodo consiste in due passaggi: il primo passaggio è l'amplificazione del genoma e il secondo passaggio è la frammentazione del genoma. In questo metodo, il genoma viene prima tagliato in grandi frammenti. Segue la clonazione di questi grandi frammenti in vari ospiti utilizzando vettori o cromosomi artificiali. Quindi, questi vettori ricombinanti vengono organizzati in una libreria. Durante il sequenziamento del fucile, i cloni vettoriali ricombinanti subiscono il sequenziamento individualmente. I frammenti nei cloni subiscono una digestione di restrizione per ridurre ulteriormente le dimensioni del genoma, subendo così il sequenziamento.
Figura 01: Sequenza gerarchica dei fucili
Durante il sequenziamento gerarchico del fucile, i grossi pezzi di frammenti devono essere disposti in ordine, prima del sequenziamento del fucile. Avviene con l'ausilio dei marcatori molecolari che vengono incorporati durante il processo di clonazione.
Il sequenziamento gerarchico del fucile crea una mappa genetica a bassa risoluzione. Ma crea una mappa di sequenza ordinata. Pertanto, richiede una durata maggiore rispetto al sequenziamento diretto. L'intero processo ritarda a causa della creazione di una libreria vettoriale ricombinante. È anche una tecnica ad alta intensità di lavoro. Tuttavia, al momento, la tecnica è automatizzata per facilitare il lavoro.
Cos'è il sequenziamento del fucile a pompa dell'intero genoma?
Il sequenziamento del fucile a pompa dell'intero genoma è un processo di sequenziamento in un'unica fase. In questo processo, avviene prima l'intero taglio del genoma. In seguito, ciascuno di questi piccoli frammenti subisce un sequenziamento casuale. Al termine del sequenziamento, avviene l'analisi delle sequenze. Durante l'analisi della sequenza, le sequenze sovrapposte vengono rimosse e l'analisi non è un processo ordinato. Pertanto, l'assemblaggio delle sequenze è un processo meno efficiente rispetto al sequenziamento gerarchico del fucile. Tuttavia, il processo di sequenziamento del fucile a pompa dell'intero genoma è più rapido e l'analisi dell'intero genoma può aver luogo in una singola istanza.
Quali sono le somiglianze tra il sequenziamento gerarchico e l'intero genoma del fucile?
- Il sequenziamento gerarchico e dell'intero genoma sono due approcci di sequenziamento.
- Entrambi sono sottoposti a sequenziamento Sanger o metodi di sequenziamento Sanger automatizzato.
- Sono coinvolti nel sequenziamento di frammenti di DNA e RNA.
- Inoltre, entrambi i metodi sono importanti ai fini della diagnostica molecolare e della ricerca.
- Al momento, entrambe le tecniche sono automatizzate o basate su computer.
- Entrambe le tecniche si basano sulla frammentazione del genoma.
Qual è la differenza tra il sequenziamento gerarchico e quello del genoma intero?
Il sequenziamento gerarchico del fucile genera frammenti di dimensioni maggiori rispetto al sequenziamento dell'intero genoma, che funziona con piccoli frammenti di sequenze. Quindi, questa è la differenza chiave tra il sequenziamento del fucile gerarchico e dell'intero genoma. Inoltre, il sequenziamento gerarchico del fucile consiste in due passaggi principali, mentre il sequenziamento dell'intero genoma del fucile si basa su un passaggio principale.
Inoltre, un' altra differenza tra il sequenziamento del fucile gerarchico e dell'intero genoma è che la risoluzione è maggiore nel sequenziamento del fucile dell'intero genoma rispetto al sequenziamento gerarchico del fucile.
L'infografica qui sotto riassume la differenza tra il sequenziamento gerarchico e quello dell'intero genoma.
Riepilogo – Sequenziamento gerarchico vs genoma intero
Il sequenziamento gerarchico e dell'intero genoma sono due tecniche per sequenziare genomi di grandi dimensioni. La sequenza gerarchica del fucile è un processo di sequenziamento in due fasi in cui il genoma viene suddiviso in frammenti più grandi. Al contrario, il sequenziamento del fucile a pompa dell'intero genoma è un sequenziamento a fase singola in cui il genoma viene suddiviso in piccoli frammenti e sequenziato direttamente. Pertanto, questa è la differenza chiave tra il sequenziamento del fucile gerarchico e dell'intero genoma. Inoltre, gli aspetti tecnici possono variare tra le due tecniche.
