Differenza chiave – Exome vs RNA Sequencing
Il sequenziamento dell'acido nucleico è la tecnica che determina l'ordine dei nucleotidi in un particolare frammento di DNA o RNA di un organismo. Il sequenziamento è importante per identificare la composizione del DNA e dell'RNA della cellula e per distinguere alcuni geni che codificano per proteine funzionali; quindi, il sequenziamento può essere utilizzato per comprendere le mutazioni di questi geni e le espressioni geniche. Il metodo di sequenziamento Sanger o i metodi di sequenziamento di nuova generazione più avanzati sono i metodi di sequenziamento comunemente utilizzati. Il sequenziamento dell'esoma è il sequenziamento dell'insieme completo di esoni o regioni codificanti del DNA presenti in un organismo mentre il sequenziamento dell'RNA è la procedura di sequenziamento degli acidi ribonucleici (RNA). Questa è la differenza chiave tra l'esoma e il sequenziamento dell'RNA.
Cos'è il sequenziamento dell'esoma?
Exome è un sottoinsieme del genoma che consiste nei geni codificanti di un particolare organismo. I geni codificanti sono chiamati esoni e vengono trascritti in mRNA e quindi tradotti in sequenze di amminoacidi. Durante le modifiche post-trascrizionali, il meccanismo di splicing dell'RNA negli eucarioti rimuove gli introni (regioni non codificanti) e gli esoni rimangono. Esistono due tecniche principali in cui viene eseguito il sequenziamento dell'esoma: basato su soluzioni e basato su array.
Nel sequenziamento dell'esoma in soluzione, i campioni di DNA vengono frammentati utilizzando enzimi di restrizione o metodi meccanici e denaturati mediante calore. In questa tecnica, le sonde oligonucleotidiche biotinilate (esche) vengono utilizzate per ibridare selettivamente con le regioni bersaglio nel genoma. Le sfere magnetiche di streptavidina vengono utilizzate per la fase di rilegatura. La rilegatura è seguita da una fase di lavaggio in cui le sequenze non legate e non mirate vengono lavate via. I target legati vengono quindi amplificati utilizzando la reazione a catena della polimerasi (PCR) e quindi sequenziati utilizzando il sequenziamento di Sanger o le tecniche di sequenziamento di nuova generazione.
Figura 01: Sequenziamento dell'esoma
Anche il metodo basato su array è simile al metodo basato su soluzione, tranne per il fatto che i frammenti di DNA vengono catturati in un micro array, quindi seguono le fasi di legame e lavaggio prima di essere sequenziati.
Il sequenziamento dell'esoma viene utilizzato in molte applicazioni come la diagnosi genetica di malattie, nella terapia genica, nell'identificazione di nuovi marcatori genetici, in agricoltura per identificare vari tratti agronomici benefici e nelle procedure di miglioramento genetico delle piante.
Cos'è il sequenziamento dell'RNA?
Il sequenziamento dell'RNA si basa sul trascrittoma, che è la trascrizione completa della cellula. Gli obiettivi chiave del sequenziamento dell'RNA sono catalogare tutte le specie della trascrizione, inclusi mRNA, RNA non codificante e RNA piccolo, per determinare la struttura trascrizionale dei geni e quantificare i livelli di espressione di ciascuna trascrizione durante lo sviluppo. Durante il sequenziamento dell'RNA, per il sequenziamento sono state inizialmente utilizzate tecnologie di ibridazione (che erano DNA complementare derivato da sequenze di mRNA maturo). Al momento, per il sequenziamento dell'RNA viene utilizzata una tecnica di throughput più accurata e avanzata.
Figura 02: Sequenziamento dell'RNA
Nel sequenziamento dell'RNA, un campione di RNA che può essere RNA totale o RNA frazionato viene convertito nel suo DNA complementare (cDNA) utilizzando la trascrizione inversa e viene preparata una libreria di cDNA. Ciascun frammento di cDNA è attaccato agli adattatori su entrambi i lati (sequenziamento dell'estremità della coppia) o su un lato (sequenziamento dell'estremità singola). Queste sequenze contrassegnate vengono sequenziate utilizzando il sequenziamento di Sanger o la generazione successiva, come il sequenziamento dell'esoma.
Quali sono le somiglianze tra Exome e RNA Sequencing?
- È possibile utilizzare brevi frammenti selezionati o l'intero set di DNA / RNA per il sequenziamento dell'esoma o dell'RNA.
- I frammenti sequenziati sono conservati nelle librerie.
- È possibile utilizzare il sequenziamento di Sanger o il sequenziamento di nuova generazione.
- Entrambi sono metodi di sequenziamento in vitro.
- I frammenti sequenziati possono essere determinati da tag fluorescenti.
Qual è la differenza tra Exome e RNA Sequencing?
Exome vs RNA Sequencing |
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| Il sequenziamento dell'esoma è il sequenziamento dell'insieme completo degli esoni o delle regioni codificanti del DNA presenti in un organismo. | Il sequenziamento dell'RNA si riferisce alla procedura di sequenziamento degli acidi ribonucleici (RNA); il trascrittoma. |
| Campione iniziale | |
| Il DNA genomico è il campione iniziale del sequenziamento dell'esoma. | L'RNA è il campione iniziale del sequenziamento dell'RNA. |
| Composizione | |
| Questo contiene solo regioni codificanti del DNA totale conosciute come Exons | Questo contiene RNA-mRNA / trascrittoma. |
| Sequenza | |
| Ci sono due metodi principali per il sequenziamento dell'esoma; tecnologie basate su soluzioni e basate su array. | Il sequenziamento dell'RNA avviene tramite la preparazione di una libreria di cDNA estraendo l'RNA totale o frammentato. |
Riepilogo – Exome vs RNA Sequencing
L'esoma è l'insieme completo delle regioni codificanti di un organismo e le tecniche coinvolte nella determinazione dell'esatto ordine nucleotidico dell'esoma sono note come sequenziamento dell'esoma. Il sequenziamento dell'RNA è la tecnica coinvolta nella determinazione dell'ordine nucleotidico dell'RNA di un organismo. Questa è la differenza tra l'esoma e il sequenziamento dell'RNA.
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