La differenza chiave tra primer casuali e oligo dT è che il primer casuale è una miscela di tutte le possibili sequenze di oligonucleotidi esamerici, mentre il primer oligo dT è costituito da un tratto a filamento singolo di 12–18 deossitimidine.
La trascrizione inversa è un meccanismo in cui il cDNA può essere sintetizzato utilizzando mRNA o qualsiasi specie di RNA. Per produrre cDNA, dovrebbero essere forniti l'enzima della trascrittasi inversa e altri componenti necessari, in particolare templa e primer. I primer sono le brevi sequenze di DNA specificamente progettate per l'amplificazione delle sequenze bersaglio. I primer casuali e i primer oligo dT sono due tipi comuni di primer utilizzati nella trascrizione inversa. Pertanto, il primer casuale o il primer oligo dT sono brevi sequenze di oligonucleotidi di DNA necessarie per la trascrittasi inversa per avviare la trascrizione inversa. A seconda del modello di RNA, il primer adatto può essere selezionato tra questi due tipi di primer.
Cosa sono i primer casuali?
Il primer casuale è una miscela di oligonucleotidi che rappresentano tutte le possibili sequenze di esameri. La sequenza di primer del primer casuale è 5´ – d (NNNNNN) –3´ N=G, A, T o C. Pertanto, i primer casuali possono essere utilizzati per l'amplificazione di DNA o RNA a filamento singolo mediante DNA polimerasi o trascrittasi inversa, rispettivamente. Inoltre, la miscela di primer casuali è in grado di amplificare tutte le regioni dell'RNA per generare cDNA. Pertanto, produce diverse lunghezze di cDNA.
Figura 01: Primer casuali
Soprattutto, la miscela di primer casuale non mostra la specificità del modello. Non è in grado di distinguere mRNA e altre specie di RNA. E si ricopre con qualsiasi specie di RNA nel campione. Tuttavia, la miscela di primer casuali è adatta per la trascrizione inversa di RNA senza code poli(A), come rRNA, tRNA, RNA non codificanti, piccoli RNA, mRNA procariotici ecc., RNA degradato e RNA con strutture secondarie note.
Cos'è Oligo dT?
Il primer Oligo dT è un allungamento di 12 – 18 deossitimina (dT). La sequenza di primer può essere rappresentata come 5´-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT)-3. Viene utilizzato per la produzione di cDNA da mRNA contenente coda di poli(A). Fondamentalmente, funge da primer per la reazione catalizzata dalla trascrittasi inversa. Durante la trascrizione inversa, il primer oligo dT si ricopre con la coda poliadenilata che si trova all'estremità 3' della maggior parte degli mRNA eucariotici e avvia il processo.
Figura 02: Trascrizione inversa con Oligo dT Primer
A differenza del primer random, il primer oligo dT non è adatto per RNA degradati o RNA privi di code poli(A), inclusi RNA e microRNA procariotici.
Quali sono le somiglianze tra i primer casuali e Oligo dT?
- Il primer casuale e il primer oligo dT sono due tipi di primer utilizzati nella trascrizione inversa e nella produzione di cDNA.
- L'utilizzo del primer random e del primer oligo dT insieme aumenta la sensibilità della sintesi del cDNA.
- Sono brevi sequenze nucleotidiche a filamento singolo.
Qual è la differenza tra primer casuali e Oligo dT?
Il primer casuale è una breve sequenza di oligonucleotidi composta da una sequenza casuale. Nel frattempo, il primer oligo dT è un filamento corto composto da 12 a 18 deossitimidine. Quindi, questa è la differenza chiave tra primer casuali e oligo dT. La sequenza del primer casuale è 5´ – d (NNNNNN) –3´ N=G, A, T o C. Considerando che la sequenza del primer oligo dT è 5´-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT)-3´. Pertanto, possiamo considerare questa come un' altra differenza tra primer casuali e oligo dT.
Inoltre, i primer casuali non mostrano la specificità del modello e si ricoprono con qualsiasi specie di RNA, mentre i primer oligo dT mostrano la specificità per le code poli(A) dell'mRNA eucariotico.
L'infografica qui sotto riassume la differenza tra primer casuali e oligo dT.
Riepilogo – Primer casuali vs Oligo dT
Il primer casuale e il primer oligo dT sono due tipi di primer utilizzati nella sintesi del cDNA. Il primer random è costituito da una miscela di oligonucleotidi, che rappresentano tutte le possibili sequenze esameriche, mentre il primer oligo dT è una sequenza a filamento singolo da 12 a 18 deossitimidine. Quindi, questa è la differenza chiave tra primer casuali e oligo dT. Inoltre, i primer oligo dT sono utili per la trascrizione inversa a lunghezza intera dell'RNA con coda poli(A), mentre i primer casuali sono utili per la trascrizione inversa della maggior parte delle specie di RNA, compreso l'RNA degradato, l'RNA privo di code poli(A) e l'RNA contenente strutture secondarie. Pertanto, il primer casuale non mostra la specificità del modello mentre il primer oligo dT mostra la specificità verso l'mRNA eucariotico contenente la coda poli(A).
