La differenza chiave tra le sonde DNA e RNA è che le sonde DNA sono frammenti di DNA complementari alle sequenze nucleotidiche bersaglio mentre le sonde RNA sono tratti di RNA a filamento singolo che sono sequenze di acidi nucleici complementari delle sequenze bersaglio.
Una sonda è una breve sequenza sintetizzata artificialmente di DNA o RNA che potrebbe essere etichettata in modo radioattivo o con molecole non radioattive. Può avere una lunghezza da 100 a 1000 basi. Le sonde sono utili per rilevare le sequenze nucleotidiche bersaglio che sono complementari alla sequenza della sonda. Una volta aggiunte, le sonde si ibridano con le sequenze complementari o le sequenze bersaglio e lo rendono visibile per identificare le sequenze bersaglio poiché trasporta radioattività. Le sonde sono strumenti molecolari importanti per molte aree microbiche e molecolari come il rilevamento di malattie genetiche, in virologia, in patologia forense, nei test di paternità, nel fingerprinting del DNA, RFLP, citogenetica molecolare, ibridazione in situ, ecc.
Cosa sono le sonde DNA?
Le sonde DNA sono tratti di DNA a filamento singolo. Possono essere utilizzati per rilevare la presenza di sequenze di acidi nucleici complementari (sequenze bersaglio) mediante ibridazione. Una volta che una sonda di DNA ibrida con la sua sequenza complementare, forma un ibrido a doppio filamento. Per rilevarli, le sonde di DNA sono generalmente etichettate con radioisotopi, biotina, epitopi o fluorofori. Le sonde di DNA marcate con biotina possono essere rilevate con la fosfatasi alcalina marcata con streptavidina mediante numerosi metodi enzimatici e chimici.
Figura 01: Sonda DNA
La sequenza nucleotidica della sonda del DNA è nota. Sono brevi sequenze con una lunghezza da 100 a 1000 coppie di basi. Sonde di DNA lunghe possono essere generate dalla tecnologia del DNA ricombinante. Possono anche essere generati mediante PCR e clonazione. Nei laboratori di microbiologia clinica, le sonde del DNA sono prontamente disponibili per la diagnosi rapida di malattie infettive.
Cosa sono le sonde RNA?
Le sonde di RNA sono tratti di RNA a filamento singolo. Sono sequenze complementari alle sequenze target nel campione. Sono comunemente sintetizzati con le RNA polimerasi dei batteriofagi SP6, T7 o T3 mediante trascrizione in vitro del DNA. Sonde di RNA lunghe possono essere generate mediante trascrizione in vitro dal DNA plasmidico linearizzato. Generalmente, le sonde di RNA si legano fortemente e più strettamente alle loro sequenze complementari rispetto alle sonde di DNA. Simile alle sonde di DNA, anche le sonde di RNA possono essere etichettate mentre vengono trascritte.
Quali sono le somiglianze tra le sonde DNA e RNA?
- Sia le sonde DNA che RNA sono sequenze nucleotidiche a filamento singolo.
- Entrambi sono progettati e sintetizzati artificialmente.
- Inoltre, possono essere etichettati con radioisotopi, epitopi, biotina o fluorofori.
- Hanno una forte affinità verso una specifica sequenza bersaglio di DNA o RNA.
- Sono utilizzati in varie tecniche di blotting e ibridazione in situ per il rilevamento di sequenze target di acidi nucleici.
- Entrambi i tipi di sonde possono essere ibridati con le loro sequenze complementari.
- Sono utilizzati anche nell'identificazione di microrganismi e nella diagnosi di malattie infettive, ereditarie e di altro tipo.
Qual è la differenza tra le sonde DNA e RNA?
La sonda DNA è un breve tratto di DNA complementare alla sequenza bersaglio. D' altra parte, la sonda RNA è un breve tratto di RNA a filamento singolo complementare alla sequenza bersaglio. Pertanto, questa è la differenza chiave tra le sonde di DNA e RNA. Inoltre, le sonde di DNA contengono A, T, C e G mentre le sonde di RNA contengono A, U, C e G.
Inoltre, un'ulteriore differenza tra le sonde DNA e RNA è la loro stabilità termodinamica. Le sonde a RNA mostrano una maggiore stabilità termodinamica rispetto alle sonde a DNA.
Di seguito l'infografica elenca le importanti differenze tra le sonde di DNA e RNA.
Riepilogo – Sonde DNA vs RNA
Una sonda è un piccolo frammento di DNA o RNA utilizzato per rilevare la presenza di una sequenza specifica nel campione di DNA o RNA mediante ibridazione molecolare. Le sonde di DNA sono brevi frammenti di DNA a singolo filamento mentre le sonde di RNA sono brevi sequenze di RNA a singolo filamento. Sono sequenze note. La stabilità termodinamica è maggiore nelle sonde a RNA rispetto alle sonde a DNA. Le sonde di RNA si legano strettamente alle loro sequenze complementari rispetto alle sonde di DNA. Quindi, questo riassume la differenza tra le sonde di DNA e RNA.
