La differenza chiave tra CDS e ORF è che CDS è quella sequenza nucleotidica effettiva di un gene che si traduce in una proteina mentre ORF è un tratto di sequenza di DNA che inizia con il sito di inizio della traduzione (codone di inizio) e termina con un sito di terminazione della traduzione (codone di arresto).
Un gene ha una sequenza codificante (CDS). Consiste degli esoni totali del gene e di un codone di inizio e di un codone di fine. È la parte effettiva del gene che traduce e produce la proteina. Il frame di lettura aperto o ORF è una sequenza nucleotidica situata tra un codone di inizio e un codone di fine. Non esiste un codone di stop all'interno di un ORF che interrompe il codice genetico che si traduce in una proteina. Nei procarioti, CDS e ORF di un gene sono gli stessi.
Cos'è il CDS?
CDS o sequenza codificante è la parte del gene che si traduce effettivamente in una proteina. Comprende esoni e due codoni noti come codone AUG e codone di arresto. CDS non contiene due regioni non tradotte: 5' UTR e 3 UTR. Inoltre, gli introni non sono inclusi in CDS.
Figura 01: Sequenza di codifica
Se confrontate con l'intero genoma di un individuo, le sequenze codificanti sono una piccola frazione. La sequenza codificante è costituita dalla sequenza nucleotidica necessaria per creare la sequenza amminoacidica della proteina. Pertanto, i CDS sono esoni concentrati che possono essere suddivisi in triplette o codoni di nucleotidi. I codoni danno origine agli amminoacidi.
Cos'è un ORF?
Open reading frame o ORF è il tratto continuo di una sequenza nucleotidica che inizia con un codone di inizio e termina con un codone di stop. In parole semplici, ORF si riferisce alla regione della sequenza nucleotidica situata tra i codoni di inizio e di fine. Nel mezzo, non c'è nessun codone di arresto che interrompe l'ORF. La sequenza nucleotidica tra il codone di inizio e quello di arresto codifica per gli amminoacidi. In genere, il codone di inizio è ATG mentre i codoni di stop sono TAG, TAA e TGA. ORF fornisce una proteina funzionale quando trascritta e tradotta. Quindi, ORF include un codone di inizio, diversi codoni nella regione centrale e un codone di stop. È interessante notare che ORF ha una lunghezza che può essere divisa per tre.
Figura 02: Riquadro di lettura aperto
Nei procarioti, poiché non ci sono introni, l'ORF è la sequenza codificante di un gene che si trascrive direttamente nell'mRNA. Pertanto, CDS e PRF sono gli stessi nei procarioti. Quando si cercano i geni nei procarioti, è facile rilevare un ORF e trovare un gene nei procarioti. Negli eucarioti, poiché ci sono introni, ORF è la sequenza di codoni che si forma dopo l'elaborazione o lo splicing dell'RNA. L'ORF è un elemento di prova che aiuta la predizione del gene fintanto che è probabile che l'ORF faccia parte di un gene.
Quali sono le somiglianze tra CDS e ORF?
- Nei procarioti, CDS e ORF sono gli stessi.
- Entrambi hanno il codone di inizio e il codone di fine.
- Hanno un numero di nucleotidi che può essere diviso per tre.
- Una volta tradotti, producono sequenze di amminoacidi.
Qual è la differenza tra CDS e ORF?
CDS è la parte effettiva del gene che si traduce in una proteina mentre ORF è il tratto di DNA tra un codone di inizio e un codone di stop. Quindi, questa è la differenza chiave tra CDS e ORF. Inoltre, CDS non contiene introni, ma ORF può contenere introni. Il CDS si trascrive completamente in una sequenza di mRNA completa mentre l'ORF può far parte della sequenza di mRNA. Quindi, questa è un' altra differenza tra CDS e ORF.
Di seguito l'infografica elenca le differenze tra CDS e ORF.
Riepilogo – CDS vs ORF
CDS e ORF sono due parti importanti di un gene. CDS si riferisce alla regione effettiva del DNA che si traduce in una proteina. ORF è una sequenza di DNA che inizia con il codone di inizio "ATG" e termina con uno qualsiasi dei tre codoni di terminazione (TAA, TAG o TGA). L'ORF può essere una parte dell'mRNA completo di un gene. Tuttavia, la sequenza codificante di un gene si trascrive per completare la sequenza di mRNA. Tutti i CDS sono ORF. Ma non tutti gli ORF sono CDS. Pertanto, questo riassume la differenza tra CDS e ORF.
