Differenza chiave – VNTR vs STR
Gli studi sul DNA hanno un'immensa utilità nella comprensione e nella determinazione delle relazioni filogenetiche, nella diagnosi di malattie genetiche e nella mappatura dei genomi degli organismi. Diverse tecniche associate all'analisi del DNA vengono utilizzate per l'identificazione di un particolare gene o di una sequenza di DNA in un pool di DNA sconosciuto. Sono conosciuti come marcatori genetici. I marcatori genetici sono usati in biologia molecolare per identificare la variazione genetica tra individui e specie. La ripetizione in tandem a numero variabile (VNTR) e la ripetizione in tandem breve (STR) sono due tipi di marcatori genetici che mostrano polimorfismo tra gli individui. Entrambi i tipi sono DNA ripetitivi non codificanti che sono ripetizioni in tandem. Sono disposti in modo da testa a coda nei cromosomi. VNTR è una sezione del genoma in cui la sequenza nucleotidica breve viene ripetuta più volte. STR è un' altra sezione del DNA all'interno del genoma che è organizzata come unità ripetute composte da due a tredici nucleotidi in cento volte. La differenza chiave tra VNTR e STR è il numero di nucleotidi in una sequenza ripetuta. Le unità ripetute di VNTR sono composte da 10 a 100 nucleotidi mentre le unità ripetute di STR sono composte da 2 a 13 nucleotidi. VNTR e STR sono ampiamente utilizzati negli studi forensi.
Cos'è VNTR?
Una ripetizione in tandem è una breve sequenza di DNA che viene ripetuta testa a coda in uno specifico locus cromosomico. Non ci sono altre sequenze o nucleotidi all'interno della ripetizione tandem. Esistono diversi tipi di ripetizioni in tandem nel genoma. VNTR è un tipo di ripetizione tandem tra loro che ha unità ripetitive costituite da 10 a 100 nucleotidi. VNTR è un tipo di minisatellite. Queste ripetizioni in tandem possono essere trovate in molti cromosomi. Sono disseminati all'interno del genoma umano e si trovano prevalentemente nelle regioni subtelomeriche dei cromosomi.
I VNTR mostrano polimorfismo ripetuto in tandem tra gli individui. La lunghezza del VNTR in una particolare posizione del cromosoma è molto variabile tra gli individui a causa della variazione del numero di unità ripetute organizzate in quella sezione del DNA. Pertanto, VNTR può essere utilizzato come un potente strumento per l'identificazione di individui e l'analisi VNTR è utilizzata in molti campi tra cui genetica, ricerca biologica, medicina legale e impronte digitali del DNA. I VNTR sono stati i primi marcatori genetici utilizzati per quantificare l'attecchimento del trapianto di midollo osseo. I VNTR sono stati anche i primi marcatori polimorfici utilizzati nella profilazione del DNA in medicina legale.
Figura 01: variazione dei VNTR in sei individui
L'analisi VNTR viene eseguita tramite il polimorfismo della lunghezza del frammento di restrizione seguito dall'ibridazione meridionale. Quindi, ha bisogno di un campione di DNA relativamente grande. Anche l'interpretazione del profilo VNTR è problematica. A causa di queste limitazioni, l'uso di VNTR nella genetica forense è stato limitato ed è stato sostituito dall'analisi STR.
Cos'è STR?
STR è una sezione di DNA altamente ripetitiva composta da due a tredici unità ripetitive nucleotidiche organizzate in modo tandem. STR è simile a VNTR. Ma varia da VNTR dal numero di nucleotidi in una sequenza ripetuta e dal numero di ripetizioni. STR è un tipo di microsatellite.
Analisi STR coinvolta nella misurazione del numero esatto di unità ripetute. Gli STR sono molto variabili tra gli individui, simili ai VNT. I profili STR variano da persona a persona. Pertanto, l'analisi STR viene utilizzata in biologia molecolare per confrontare loci specifici sul DNA di due o più campioni. Quindi gli STR sono considerati potenti marcatori genetici in biologia molecolare. Fornisce uno strumento eccellente per l'identificazione degli individui grazie al loro alto grado di polimorfismo e alla lunghezza relativamente breve.
Attualmente, gli STR sono lo strumento di polimorfismo genetico analizzato più comunemente usato nella genetica forense. La maggior parte dei casi forensi coinvolge l'analisi polimorfica STR. I loci STR sono diffusi in tutto il genoma. Ci sono migliaia di STR situati nei cromosomi che possono essere utilizzati nell'analisi forense. L'analisi STR non implica il polimorfismo della lunghezza di restrizione come l'analisi VNTR. L'analisi STR non taglia il DNA con gli enzimi di restrizione. Sonde specifiche vengono utilizzate per fissare le regioni desiderate sul DNA e utilizzando la tecnica PCR, vengono determinate le lunghezze della STR.
Figura 02: Variazione STR tra i campioni
Quali sono le somiglianze tra VNTR e STR?
- VNTR e STR sono DNA non codificanti.
- Entrambi sono ripetizioni in tandem.
- Entrambi mostrano polimorfismo tra gli individui a causa della differenza nella lunghezza della sezione del DNA.
- Entrambi sono usati come potenti marcatori genetici nelle impronte digitali del DNA e negli studi forensi.
Qual è la differenza tra VNTR e STR?
VNTR vs STR |
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| VNTR è un DNA ripetitivo non codificante che ha una breve sequenza nucleotidica ripetuta in modo tandem. | STR è una sezione di DNA altamente ripetitiva composta da due a tredici unità ripetitive nucleotidiche organizzate in modo tandem. |
| Taglia | |
| VNTR sono maggiori di STR. | STR sono inferiori a VNTR. |
| Numero di nucleotidi nella sequenza ripetuta | |
| L'unità ripetitiva di VNTR è composta da 10 a 100 nucleotidi. | L'unità ripetitiva di STR è composta da 2 a 13 nucleotidi. |
Riepilogo – VNTR vs STR
VNTR e STR sono due potenti marcatori genetici utilizzati nella biologia molecolare, specialmente nel campo della genetica forense. VNTR è un tipo di minisatellite e STR è un microsatellite. VNTR e STR sono DNA non codificanti e altamente ripetitivi. Sono ripetizioni in tandem. La struttura generale di VNTR e STR è la stessa. Tuttavia, il numero di nucleotidi nella sequenza ripetuta e la lunghezza sono diversi. VNTR ha sequenze ripetute composte da 10 a 100 nucleotidi. STR ha sequenze ripetute costituite da 2 a 13 nucleotidi. Questa è la differenza tra VNTR e STR.
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