La differenza chiave tra CGH e array CGH è che CGH è un metodo citogenetico molecolare tradizionale per analizzare la variazione del numero di copie nel DNA di un campione di test che ha una risoluzione inferiore, mentre l'array CGH è un metodo citogenetico molecolare completamente automatizzato per analizzare la variazione del numero di copie nel DNA di un campione di test che ha una risoluzione maggiore.
CGH e array CGH sono due tecniche per rilevare le variazioni del numero di copie negli individui. La variazione del numero di copie si riferisce alle sezioni del genoma che si ripetono. Il numero di copie varia da persona a persona. La variazione del numero di copie è generalmente classificata in due gruppi: ripetizioni brevi e ripetizioni lunghe. Uno degli esempi più noti di variazione del numero di copie brevi è la ripetizione del trinucleotide CAG nel gene dell'huntingtina. Ciò provoca un disturbo neurologico chiamato huntingtina. Il miglior esempio di variazione del numero di copie ripetute lunghe è il gene dell'alfa amilasi, che causa l'insulino-resistenza. La variazione del numero di copie può essere rilevata da tecniche come FISH, CGH e array CGH.
Cos'è CGH?
CGH è un metodo citogenetico molecolare tradizionale per analizzare la variazione del numero di copie nel DNA di un campione di prova rispetto a un campione di riferimento. Ha una risoluzione inferiore rispetto alle tecniche automatizzate. L'obiettivo di questa tecnica è confrontare in modo rapido ed efficiente due campioni di DNA genomico provenienti da fonti diverse.
Figura 01: CGH
La procedura prevede l'isolamento del DNA da due fonti: test e riferimento. Quindi il passaggio successivo è l'etichettatura indipendente dei campioni di DNA di prova e di riferimento con fluorofori di diversi colori. Successivamente, i due campioni di DNA sono stati denaturati per ottenere i campioni di DNA a filamento singolo. Infine, è stata eseguita l'ibridazione dei due campioni di DNA risultanti in un rapporto 1:1 con una normale diffusione metafase dei cromosomi. Le differenze cromosomiche possono essere identificate tra le due sorgenti utilizzando un microscopio a fluorescenza e un software per computer. Inoltre, la tecnica CGH è in grado di rilevare solo anomalie cromosomiche sbilanciate.
Cos'è l'array CGH?
Array CGH è un metodo citogenetico molecolare completamente automatizzato per analizzare la variazione del numero di copie nel DNA di un campione di prova rispetto a un campione di riferimento. Ha una risoluzione più alta ed è stato sviluppato per ridurre al minimo i limiti del CGH tradizionale. Array CGH combina i principi del CGH con l'uso di microarray. Invece di utilizzare la diffusione dei cromosomi in metafase, questo metodo utilizza vetrini disposti con piccoli segmenti di DNA come bersagli. Questi microarray sono stati realizzati depositando e immobilizzando una piccola quantità di DNA (sonde) su un supporto di vetro solido. La dimensione delle sonde può variare da oligonucleotide a cromosoma artificiale batterico.
Figura 02: Array CGH
Indipendentemente dalle sonde, il metodo di base dell'array CGH è simile al CGH. Una volta preparate le sonde contenenti microarray, i due campioni di DNA (test e riferimento) etichettati con fluorofori di diversi colori vengono mescolati insieme e aggiunti al microarray. Poiché il DNA nei campioni è a filamento singolo a causa della denaturazione, questo DNA si ibrida con sonde a filamento singolo disposte. Utilizzando un sistema di imaging digitale, è possibile identificare le differenze cromosomiche tra le due sorgenti.
Quali sono le somiglianze tra CGH e Array CGH?
- CGH e array CGH sono due tecniche per rilevare le variazioni del numero di copie.
- Sono metodi citogenetici molecolari.
- Entrambi i metodi diagnosticano anomalie cromosomiche sbilanciate.
- I fluorofori sono coinvolti in entrambi i metodi.
- Entrambi i metodi possono essere utilizzati per rilevare malattie genetiche dovute a variazioni del numero di copie.
- Sono ampiamente utilizzati nell'analisi genomica comparativa.
Qual è la differenza tra CGH e Array CGH?
CGH è un metodo citogenetico molecolare tradizionale per analizzare la variazione del numero di copie nel DNA di un campione di prova che ha una risoluzione inferiore, mentre l'array CGH è un metodo citogenetico molecolare completamente automatizzato per analizzare la variazione del numero di copie nel DNA di un campione di prova che ha una risoluzione maggiore. Quindi, questa è la differenza chiave tra CGH e array CGH. Inoltre, in CGH, i campioni di DNA di test e di riferimento si ibridano con una normale diffusione metafase dei cromosomi, ma nell'array CGH, i campioni di DNA di test e di riferimento si ibridano con le sonde di DNA immobilizzate contenenti microarray.
L'infografica di seguito elenca le differenze tra CGH e array CGH in forma tabellare per un confronto affiancato.
Riepilogo – CGH vs Array CGH
CGH e array CGH sono due tecniche citogenetiche molecolari per rilevare anomalie cromosomiche sbilanciate. Sono ampiamente utilizzati nell'analisi genomica comparativa. CGH è un metodo citogenetico molecolare tradizionale per analizzare la variazione del numero di copie nel DNA di un campione di prova che ha una risoluzione inferiore. Al contrario, l'array CGH è un metodo citogenetico molecolare completamente automatizzato per analizzare la variazione del numero di copie nel DNA di un campione di prova che ha una risoluzione più elevata. Pertanto, questo riassume la differenza tra CGH e array CGH.
