La differenza chiave tra FISH e CGH è che FISH è una tecnica molecolare che rileva una sequenza di DNA specifica su un cromosoma utilizzando sonde marcate in modo fluorescente, mentre CGH è un' altra tecnica citogenetica molecolare che rileva alterazioni nel DNA genomico.
L'analisi citogenetica gioca un ruolo importante in medicina quando rileva anomalie cromosomiche come aneuploidie, delezioni, duplicazioni e riarrangiamenti, ecc. Le anomalie cromosomiche alla fine portano a malattie genetiche come cancro, infertilità, sindrome di Down, sindrome di Klinefelter, Turner sindrome, leucemia, ecc. Esistono vari metodi citogenetici molecolari per rilevare i difetti e le malattie sopra menzionati. Tra questi, FISH (ibridazione fluorescente in situ) e CGH (ibridazione genomica comparativa) sono due potenti tecniche di ibridazione. Tuttavia, entrambi i metodi hanno pro e contro.
Cos'è FISH?
FISH è una tecnica di ibridazione dell'acido nucleico eseguita su una porzione o sezione di tessuto, nell'intero tessuto o cellule. È un metodo basato sulla sonda. La tecnica dipende dalla teoria dell'accoppiamento di basi complementari Watson Crick, che risulta in ibridi DNA – DNA o ibridi DNA – RNA, che possono quindi rilevare geni mutati o identificare il gene di interesse. Inoltre, questa tecnica utilizza sequenze di DNA a filamento singolo, sequenze di DNA a doppio filamento, sequenze di RNA a filamento singolo o oligonucleotidi sintetici preparati utilizzando la traduzione del nick come sonde complementari alle sequenze geniche di interesse. Inoltre, la caratteristica più importante di questa tecnica è l'etichettatura delle sonde con coloranti a fluorescenza. Pertanto, le sonde si legano alle parti complementari del cromosoma e ne facilitano il rilevamento.
Inoltre, FISH è un metodo altamente sensibile e specifico. Quindi, è una tecnica comune sia nella ricerca che nella diagnosi di neoplasie ematologiche e tumori solidi. Ma FISH mostra una bassa risoluzione. Richiede inoltre una conoscenza preliminare dell'anomalia del target per progettare sequenze di sonde.
Figura 01: PESCE
Ci sono molte applicazioni della FISH, principalmente nella diagnostica molecolare delle malattie infettive per identificare la presenza di agenti patogeni e per confermare l'agente patogeno tramite la diagnostica molecolare. Inoltre, FISH è una tecnica comunemente utilizzata nei campi della biologia dello sviluppo, del cariotipo e dell'analisi filogenetica e della mappatura fisica dei cromosomi.
Cos'è CGH?
L'ibridazione genomica comparativa (CGH) è un' altra tecnica citogenetica molecolare basata sul DNA in grado di rilevare le alterazioni delle sequenze del DNA genomico. Il metodo è un metodo avanzato in grado di analizzare cromosomi e modificazioni genetiche per rilevare i cambiamenti o le alterazioni nelle sequenze del DNA genomico. Inoltre, il CGH richiede l'isolamento e la frammentazione del DNA dal campione sperimentale e dal campione di riferimento. Quindi, i campioni devono essere etichettati utilizzando due diversi coloranti fluorescenti (di solito rosso e verde). Successivamente, entrambi i campioni vengono mescolati e consentiti per l'ibridazione competitiva. Il passaggio finale è l'analisi dei campioni per le alterazioni del DNA come duplicazione genica, perdita di geni, ecc. In particolare, misura le differenze del numero di copie del DNA tra il campione del test e il campione di controllo.
Figura 02: CGH
Un' altra versione di CGH è ora disponibile; è un metodo più avanzato rispetto al normale CGH. È una tecnica chiamata CGH basata su array o aCGH. aCGH consente l'identificazione precisa di delezioni di geni o sequenze in molte migliaia di sequenze in un singolo esperimento.
Quali sono le somiglianze tra FISH e CGH?
- FISH e CGH sono due tecniche molecolari.
- Sia FISH che CGH si basano sull'ibridazione dell'acido nucleico.
- Inoltre, entrambe le tecniche necessitano di sonde progettate per rilevare specifici bersagli del DNA.
- Li usiamo per la diagnosi prenatale e postnatale di malattie genetiche.
- Inoltre, sia FISH che CGH sono strumenti molto potenti per studiare le alterazioni genomiche.
- Usano coloranti fluorescenti per etichettare le sonde.
Qual è la differenza tra FISH e CGH?
FISH è una procedura di ibridazione in situ che utilizza sonde fluorescenti per rilevare specifiche sequenze di DNA, mentre CGH è una tecnica di ibridazione molecolare che rileva le alterazioni delle sequenze di DNA genomico. Quindi, questa è la differenza chiave tra FISH e CGH.
Inoltre, FISH richiede una conoscenza preliminare dell'anomalia del bersaglio per progettare sequenze di sonde, mentre CGH non richiede una conoscenza preliminare. Inoltre, un'ulteriore differenza tra FISH e CGH è che FISH mostra una risoluzione limitata mentre aCGH mostra un' alta risoluzione.
L'infografica qui sotto riassume la differenza tra FISH e CGH.
Riepilogo – FISH vs CGH
FISH e CGH sono due tecniche citogenetiche molecolari che facilitano l'individuazione delle sequenze geniche di interesse. FISH facilita il rilevamento di una sequenza di DNA specifica su un cromosoma utilizzando sonde marcate in modo fluorescente mentre CGH facilita il rilevamento di alterazioni nel DNA genomico. Quindi, questa è la differenza chiave tra FISH e CGH.
