La differenza chiave tra MLVA e MLST è che MLVA utilizza il polimorfismo di sequenze di DNA ripetute in tandem per caratterizzare le specie microbiche, mentre MLST utilizza il polimorfismo di sequenze di DNA di frammenti interni di più geni di pulizia per caratterizzare le specie microbiche.
La tipizzazione microbica viene normalmente utilizzata per determinare l'origine e le vie delle infezioni. Conferma o esclude focolai. La tipizzazione microbica traccia anche la trasmissione incrociata di agenti patogeni associati all'assistenza sanitaria e riconosce i ceppi virulenti. Inoltre, la tipizzazione microbica valuta l'efficacia delle misure di controllo delle specie microbiche patogene. MLVA e MLST sono due tecniche di biologia molecolare utilizzate nella tipizzazione microbica.
Cos'è MLVA?
L'analisi VNTR a loci multipli (MLVA) è un metodo biologico molecolare che utilizza il polimorfismo di sequenze di DNA ripetute in tandem per caratterizzare le specie microbiche. È un metodo utilizzato per l'analisi genetica di particolari specie microbiche.
Durante la prima fase di MLVA, ogni locus VNTR mirato viene amplificato mediante PCR con primer specifici della regione fiancheggianti. Quindi i frammenti ottenuti vengono tagliati separati mediante elettroforesi su un sequenziatore capillare. La genotipizzazione di ciascun locus e i risultati compilati da ciascun campione consentono di caratterizzare un microrganismo la cui specie è nota. Consente inoltre di identificare le sottospecie attraverso la tipizzazione degli alleli e il confronto con i database MLVA.
Figura 01: MLVA
Questo metodo MLVA è più selettivo del metodo MLST. Inoltre, il metodo MLVA non richiede una fase di sequenziamento del DNA. Pertanto, consente di differenziare sottospecie vicine o specie clonali.
Cos'è MLST?
La tipizzazione di sequenza multilocus (MLST) è una tecnica che utilizza il polimorfismo delle sequenze di DNA di frammenti interni di più geni housekeeping per caratterizzare le specie microbiche. MLST è una tecnica di analisi genetica per la tipizzazione di loci multipli.
Figura 02: MLST
È un tipo di tipizzazione di sequenziamento utilizzato come tecnica di riferimento per distinguere diversi ceppi di specie microbiche. Questo metodo si basa sul sequenziamento dei geni di pulizia. I geni di pulizia normalmente codificano per proteine essenziali di agenti microbici come un batterio. Queste sequenze di geni housekeeping hanno la particolarità di presentare un polimorfismo stabile nel tempo. Pertanto, le differenze nelle sequenze dei geni housekeeping sono sufficienti per distinguere i ceppi l'uno dall' altro. Inoltre, il primo schema MLST ad essere sviluppato è stato Neisseria meningitidis, l'agente eziologico della meningite meningococcica e della setticemia. Dalla sua introduzione, MLST è stato utilizzato non solo per i patogeni umani ma anche per i patogeni delle piante.
Quali sono le somiglianze tra MLVA e MLST?
- MLVA e MLST sono due tecniche di biologia molecolare utilizzate nella tipizzazione microbica.
- Entrambe le tecniche possono essere utilizzate per l'analisi filogenetica microbica.
- Entrambe le tecniche si basano sul polimorfismo genetico.
- Possono essere utilizzati per il rilevamento di malattie umane che causano agenti patogeni microbici.
- Entrambe le tecniche dovrebbero essere eseguite da biologi molecolari esperti.
Qual è la differenza tra MLVA e MLST?
MLVA è una tecnica che utilizza il polimorfismo di sequenze di DNA ripetute in tandem per caratterizzare le specie microbiche. Nel frattempo, MLST è una tecnica che utilizza il polimorfismo di sequenze di DNA di frammenti interni di più geni di pulizia per caratterizzare le specie microbiche. Pertanto, questa è la differenza chiave tra MLVA e MLST. Inoltre, il metodo MLVA è più selettivo del metodo MLST.
L'infografica qui sotto presenta le differenze tra MLVA e MLST in forma tabellare per un confronto fianco a fianco.
Riepilogo – MLVA vs MLST
MLVA e MLST sono due tecniche di biologia molecolare utilizzate nella tipizzazione microbica. MLVA utilizza il polimorfismo di sequenze di DNA ripetute in tandem per caratterizzare le specie microbiche, mentre MLST utilizza il polimorfismo di sequenze di DNA di frammenti interni di più geni di pulizia per caratterizzare le specie microbiche. Quindi, questa è la differenza chiave tra MLVA e MLST.
