Differenza chiave – Sonda vs Primer
La sonda molecolare è un piccolo frammento di DNA o RNA che riconosce le sequenze complementari nel DNA o nell'RNA e consente l'identificazione della sequenza bersaglio. Il primer è un piccolo tratto di DNA o RNA che funge da punto di partenza per la sintesi del DNA. Primer e sonde si ibridano con i nucleotidi complementari del DNA stampo o del DNA bersaglio. Tuttavia, la differenza fondamentale tra sonda e primer è che i primer sono necessari per la replicazione del DNA mentre le sonde sono necessarie per il rilevamento di sequenze specifiche nel DNA del campione.
Cos'è una sonda?
La sonda è un piccolo frammento di DNA o RNA utilizzato per rilevare il DNA o l'RNA bersaglio nel campione mediante ibridazione molecolare. Sono anche conosciuti come marcatori molecolari. La lunghezza della sonda può variare (da 100 a 1000 basi) e i nucleotidi della sonda sono complementari alla parte della sequenza bersaglio. Per facilitare il rilevamento, le sonde sono etichettate con isotopi radioattivi o con coloranti o anticorpi fluorescenti. Le sonde si legano alle basi complementari della sequenza bersaglio e rivelano la presenza del DNA o dell'RNA bersaglio nel campione. Esistono due metodi principali per etichettare le sonde: etichettatura finale e traduzione del nick. Le sonde sono classificate in diversi tipi tra cui sonde DNA, sonde RNA, sonde cDNa e sonde oligonucleotidiche sintetiche e vengono preparate utilizzando tecniche diverse.
Le sonde sono strumenti importanti in molte aree microbiche e molecolari come virologia, patologia forense, test di paternità, fingerprinting del DNA, rilevamento di malattie genetiche, RFLP, citogenetica molecolare, ibridazione in situ, ecc.
Figura 01: Sonda con etichetta fluorescente utilizzata in FISH per il rilevamento di agenti patogeni
Cos'è un Primer?
Primer è un breve frammento di DNA o RNA che funge da iniziatore per la sintesi del DNA. L'enzima DNA polimerasi aggiunge nucleotidi al gruppo 3'OH della sequenza di primer e sintetizza il nuovo filamento complementare al DNA stampo. I primer sono frammenti molto corti con una lunghezza da 18 a 20 nucleotidi. Sono sintetizzati chimicamente in laboratorio per l'amplificazione del DNA in vitro (PCR). I primer possono avere qualsiasi sequenza di nucleotidi poiché sono progettati dall'utente. Sono sintetizzati per combaciare con le basi complementari del DNA stampo. Pertanto, può avere qualsiasi sequenza di nucleotidi. I primer sono della massima importanza per la replicazione del DNA poiché la DNA polimerasi non può sintetizzare nuovo DNA senza un frammento di DNA preesistente. Quando si progettano i primer per la PCR, è necessario considerare quanto segue:
- I primer dovrebbero contenere i nucleotidi complementari all'estremità fiancheggiante del DNA che vuole amplificare.
- I primer devono avere una temperatura di fusione compresa tra 55 e 65 0C
- Il contenuto di Sol e Do dovrebbe essere compreso tra 50 e 60%.
Due primer vengono utilizzati nella PCR come avanti e indietro per replicare entrambi i filamenti del DNA del campione. I primer sono comunemente usati per eseguire la PCR e il sequenziamento del DNA.
Figura 02: Ricottura del primer in PCR
Qual è la differenza tra Probe e Primer?
Sonda vs Primer |
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| La sonda è un piccolo frammento di DNA/RNA utilizzato per rilevare la presenza della sequenza target in un campione mediante ibridazione molecolare. | Primer è un piccolo tratto di DNA o RNA che funge da punto di partenza per la replicazione del DNA. |
| Funzione | |
| Rileva la presenza di una sequenza specifica nel campione di DNA o RNA. | Questo funge da punto di partenza per la sintesi del DNA. |
| Lunghezza | |
| La lunghezza può essere compresa tra 100 e 1000 basi | La lunghezza è generalmente di circa 18 – 20 basi |
| Legatura con sequenza complementare | |
| La sonda si ibrida con le basi complementari della sequenza target | Il primer si ricopre con le basi complementari dei filamenti di DNA. |
| Etichettatura | |
| Le sonde sono etichettate per facilitare il rilevamento | I primer generalmente non sono etichettati |
| Utilizzare in PCR | |
| Le sonde non vengono utilizzate nella PCR | I primer sono usati nella PCR |
Riepilogo – Sonda vs Primer
La sonda è un piccolo frammento di sequenza di DNA o RNA che può essere ibridato con nucleotidi complementari per rilevare una sequenza bersaglio nel campione. Le sonde sono etichettate in modo radioattivo, immunologico o fluorescente per vedere la presenza della sequenza bersaglio. Il primer è un frammento di DNA o RNA molto piccolo che funge da punto di partenza per l'amplificazione del DNA in vitro. La DNA polimerasi identifica il primer del gruppo 3'OH e avvia la costruzione di un nuovo filamento complementare al modello. Sonde e primer funzionano in modo simile ibridandosi con nucleotidi complementari. Pertanto, la differenza chiave tra sonda e primer è la loro funzione primaria.
