Differenza chiave: proteomica vs trascrittomica
La tecnologia omica è una tendenza attuale, in cui le diverse biomolecole di un organismo sono considerate come un insieme completo per quanto riguarda le sue proprietà e funzioni. La tecnologia omica ha una vasta gamma di applicazioni. Le diverse omiche di un campione biologico includono genomica, proteomica, trascrittomica e metabolomica. La proteomica implica lo studio completo di tutte le proteine in un organismo vivente. È definito come l'insieme di tutte le proteine espresse in un organismo, le sue proprietà strutturali e funzionali. L'insieme completo delle proteine, quindi, forma il proteoma. La trascrittomica è lo studio completo di tutte le molecole di RNA messaggero (mRNA) presenti in un organismo vivente. Pertanto, la trascrittomica si occupa dei geni che sono attivamente espressi in un organismo vivente. L'insieme totale di mRNA in un organismo vivente è indicato come trascrittoma. La differenza chiave tra proteomica e trascrittomica si basa sul tipo di biomolecola. In proteomica si studia l'insieme totale delle proteine espresse in un organismo vivente mentre, in trascrittomica, si studia l'mRNA totale di un organismo vivente.
Cos'è la proteomica?
Il termine proteomica è stato coniato nell'anno 1995 ed è stato inizialmente definito come il complemento proteico totale in una cellula, un tessuto o un organismo. Con il progresso degli studi proteomici, è stato poi modificato per essere considerato un termine generico in cui sono stati inclusi molti campi di studio. Attualmente, nell'ambito dell'argomento proteomica, si studiano la struttura, l'orientamento, le funzioni, le sue interazioni, le sue modificazioni, le sue applicazioni e l'importanza delle proteine. Pertanto, molte ricerche sono attualmente condotte nel campo della proteomica.
Sono stati condotti i primi studi proteomici per identificare il contenuto proteico in Escherichia coli. La mappatura del contenuto proteico totale è stata eseguita utilizzando gel bidimensionali (2D). Dopo il successo di questo, gli scienziati sono passati alla caratterizzazione del contenuto proteico totale in animali come cavie e topi. Al momento, la mappatura delle proteine umane viene eseguita utilizzando l'elettroforesi su gel 2D.
Applicazioni di proteomica
Ci sono molti vantaggi nello studio della proteomica, poiché le proteine sono le molecole che governano la maggior parte dell'attività a causa della proprietà catalizzatrice delle proteine. Pertanto, lo studio delle proteine intere può fornire informazioni sullo stato di salute di un organismo. Alcune applicazioni sono;
- Annotazione del genoma: studiando il contenuto proteico di un organismo, è possibile determinare i genomi esatti responsabili del composto proteico attivo. In questo scenario i risultati di tutta la genomica, la trascrittomica e la proteomica sono importanti.
- Identificazione della malattia / Diagnostica: la proteomica viene utilizzata nell'identificazione della condizione della malattia, confrontando il sano e il malato
- Per eseguire l'espressione proteica studiata durante la sperimentazione.
- Modifiche proteiche e studi di interazione: per utilizzare le proteine in condizioni in vitro o in vivo, per decidere le condizioni di conservazione di queste proteine estratte e per studiare il comportamento della proteina in vitro, in vivo e in – metodi silico.
Figura 01: Proteomica
Ci sono diverse tecniche coinvolte nella proteomica
- Estrazione della proteina totale e separazione delle proteine mediante elettroforesi su gel 2D. Le proteine possono anche essere separate usando la cromatografia liquida ad alte prestazioni (HPLC).
- Sequenziamento delle proteine estratte utilizzando metodi come il metodo di sequenziamento di Edmund o la spettrometria di massa.
- Una volta identificate le sequenze, le proprietà strutturali e funzionali del contenuto proteico vengono analizzate utilizzando software computerizzati e strumenti bioinformatici.
Cos'è la trascrittomica?
Il termine trascrittoma è stato coniato recentemente. La trascrittomica è lo studio del contenuto totale di mRNA di un organismo. L'mRNA totale è il DNA espresso in un organismo vivente o in una cellula. La raccolta completa di mRNA è denominata trascrittoma.
I passi verso l'analisi del trascrittoma includono,
- Estrazione di RNA, separazione di mRNA mediante cromatografia su gel su colonna con microsfere di poliDT.
- Il sequenziamento dell'mRNA è terminato.
La tecnologia dei microarray è un modo comune per identificare il trascrittoma di un organismo. La tecnica del microarray prevede una piastra sonda con i filamenti complementari del trascrittoma. Dopo l'ibridazione, l'mRNA presente nell'organismo o nelle cellule può essere caratterizzato.
Figura 02: Tecniche trascrittomiche
La trascrittomica è ora ampiamente utilizzata in campo medico. La diagnostica delle malattie e la profilazione delle malattie sono i campi principali in cui viene utilizzata la trascrittomica. Analizzando un trascrittoma di un organismo, è possibile identificare l'mRNA estraneo e, se ci sono infezioni, è possibile identificarlo. L'RNA non codificante può essere separato utilizzando tecnologie trascrittomiche. E anche l'espressione dei geni sotto diversi stress ambientali può essere monitorata.
Quali sono le somiglianze tra proteomica e trascrittomica?
- Entrambi fanno parte del concetto di tecnologia omica.
- Entrambi sono utilizzati nella diagnostica delle malattie e nella caratterizzazione delle malattie di un organismo.
- Entrambe le aree di studio prevedevano l'estrazione della biomolecola, la separazione della biomolecola e le fasi di sequenziamento.
Qual è la differenza tra proteomica e trascrittomica?
Protemica vs Trascrittomica |
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| La proteomica implica lo studio completo di tutte le proteine in un organismo vivente. | La trascrittomica è lo studio completo di tutte le molecole di RNA messaggero (mRNA) presenti in un organismo vivente. |
| Tipo di biomolecola studiato | |
| Le proteine sono studiate in proteomica. | mRNA sono studiati in trascrittomica. |
| Fattori studiati | |
| La struttura, la funzione, le interazioni, le modificazioni e le applicazioni delle proteine sono studiate in proteomica. | La struttura della sequenza, le interazioni con l'ambiente e le applicazioni dell'mRNA sono studiate in trascrittomica. |
Riepilogo – Proteomica vs trascrittomica
Gli omici giocano un ruolo importante nel campo delle scienze della vita. La proteomica si riferisce allo studio del proteoma che forma le raccolte complete di proteine in una cellula o in un organismo. La trascrittomica si riferisce allo studio del trascrittoma che è l'insieme completo del DNA espresso sotto forma di mRNA. Le due aree di studio, proteomica e trascrittomica, sono state derivate dopo l'introduzione della genomica e attualmente ampiamente utilizzate nella diagnostica medica e nella caratterizzazione e screening degli organismi. Questa è la differenza tra proteomica e trascrittomica.
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