La differenza chiave tra omologia e somiglianza in bioinformatica è che l'omologia si riferisce a un'affermazione sull'ascendenza evolutiva comune di due sequenze mentre la somiglianza si riferisce al grado di somiglianza tra due sequenze.
La bioinformatica è un campo della scienza che combina biologia, ingegneria dell'informazione, informatica, matematica e statistica per analizzare e interpretare i dati biologici. Omologia e somiglianza sono due termini che utilizziamo nel campo della bioinformatica. Possiamo facilmente calcolare la somiglianza come percentuale di residui simili su una data lunghezza dell'allineamento. Tuttavia, non possiamo calcolare l'omologia poiché potrebbe essere vera o falsa e di solito dipende dall'ipotesi utilizzata.
Cos'è l'omologia in bioinformatica?
L'omologia in bioinformatica si riferisce all'omologia biologica tra DNA, RNA e sequenze proteiche che sono definite in termini di proprietà ancestrali condivise nell'albero della vita evolutivo. In altre parole, è l'ascendenza evolutiva comune di due sequenze. La ragione di tale occorrenza potrebbe essere dovuta a eventi di speciazione (orthologi), eventi di trasferimento genico orizzontale (xenologi) o eventi di duplicazione (paralog).
Figura 01: Allineamento di sequenze multiple
È possibile dedurre l'omologia tra DNA, RNA o proteine dalla loro somiglianza di sequenza di aminoacidi o nucleotidi. Una somiglianza significativa funge da forte proprietà probatoria per dedurre che due sequenze sono correlate a una sequenza ancestrale comune con cambiamenti evolutivi. Gli allineamenti di sequenze multiple indicano le regioni di ciascuna sequenza con natura omologa.
Cos'è la somiglianza in bioinformatica?
In bioinformatica, la somiglianza valuta la somiglianza tra due proteine o sequenze nucleotidiche. Ci sono due passaggi principali per questo processo. Il passaggio iniziale è l'allineamento a coppie, che aiuta a trovare l'allineamento ottimale tra due sequenze (compresi gli spazi vuoti) utilizzando algoritmi come BLAST, FastA e LALIGN. Dopo l'allineamento a coppie, è necessario ottenere due parametri quantitativi da ciascun confronto a coppie. Sono identità e somiglianza. In BLAST, le somiglianze di ricerca sono note come positive.
Figura 02: Allineamento a coppie
Una mutazione conservativa si verifica quando un amminoacido muta in un residuo simile preservando le proprietà fisico-chimiche. Ad esempio, se l'arginina muta in lisina con carica positiva +1, è accettato poiché i due amminoacidi hanno proprietà simili e non cambiano la proteina tradotta. Quindi, le misurazioni della somiglianza dipendono dai criteri di come due residui di amminoacidi sono l'uno rispetto all' altro.
Quali sono le somiglianze tra omologia e somiglianza in bioinformatica?
- Omologia e somiglianza sono due termini tecnici che incontriamo in bioinformatica.
- Inoltre, entrambi i termini si riferiscono all'analisi molecolare delle sequenze.
Qual è la differenza tra omologia e somiglianza in bioinformatica?
L'omologia si riferisce a un'affermazione sull'ascendenza evolutiva comune di due sequenze mentre la somiglianza si riferisce al grado di somiglianza tra due sequenze. Quindi, questa è la differenza chiave tra omologia e somiglianza in bioinformatica. Inoltre, l'omologia non può essere calcolata poiché potrebbe essere vera o falsa e di solito dipende dall'ipotesi mentre la somiglianza può essere facilmente calcolata come percentuale di residui simili su una data lunghezza dell'allineamento. Quindi, questa è una differenza significativa tra omologia e somiglianza in bioinformatica.
La seguente infografica elenca la differenza tra omologia e somiglianza in bioinformatica.
Riepilogo – Omologia vs Somiglianza in Bioinformatica
In breve, la differenza fondamentale tra omologia e somiglianza in bioinformatica risiede nelle loro definizioni. L'omologia è una dichiarazione di ascendenza evolutiva comune di due sequenze mentre la somiglianza è la somiglianza tra due sequenze. L'omologia si verifica a causa di orthologs, paralogs e xenologs. Quando si deduce la somiglianza, è possibile utilizzare algoritmi come FastA, BLAST e LALIGN. L'omologia non può essere espressa come un calcolo, ma la somiglianza potrebbe essere espressa come percentuale di residui simili su una data lunghezza dell'allineamento. Quindi, questo è il riassunto della differenza tra omologia e somiglianza in bioinformatica.
