La differenza chiave tra ITS1 e ITS2 è che ITS1 è un DNA spaziatore situato tra i geni rRNA 18S e 5.8S negli eucarioti, mentre ITS2 è un DNA spaziatore situato tra i geni rRNA 5.8S e 28S negli eucarioti.
Lo spaziatore trascritto interno (ITS) è il DNA spaziatore solitamente situato tra i geni dell'RNA ribosomiale della piccola subunità e dell'RNA ribosomiale della subunità grande nel cromosoma o nella corrispondente regione trascritta nella molecola del trascritto del precursore dell'rRNA policistronico. Nei batteri e negli archaea, esiste un solo ITS tra i geni rRNA 16S e 23S. Ma negli eucarioti ci sono due DNA spaziatori ITS: ITS1 (tra 18S e 5.geni 8S rRNA) e ITS2 (tra 5,8S e 28S rRNA). Pertanto, ITS1 e ITS2 sono due DNA spaziatori trovati tra i geni rRNA negli eucarioti.
Cos'è ITS1?
ITS1 è un DNA spaziatore situato tra i geni rRNA 18S e 5.8S negli eucarioti. ITS si riferisce a un pezzo di DNA spaziatore non funzionale situato tra i geni rRNA. ITS1 ha una variazione di lunghezza maggiore rispetto a ITS2. La variazione di lunghezza di ITS1 è di circa (200-300 bp). I marcatori ITS come ITS1 hanno dimostrato la loro efficacia nel chiarire le relazioni filogenetiche tra i diversi taxa. Inoltre, il DNA spaziatore ITS1 è meno conservato del DNA spaziatore ITS2. Le strutture ITS1 sono conservate solo in unità tassonomiche molto più piccole. Ciascun cluster ribosomiale eucariotico contiene anche regioni chiamate spaziatori trascritti esterni (5' e 3' ETS).
Figura 01: regione ITS1
Il DNA dello spaziatore ITS1 è molto vicino allo spaziatore trascritto esterno da 5' (ETS da 5'). Inoltre, se qualcuno vuole amplificare la regione ITS1 per studi di relazioni filogenetiche, deve utilizzare una coppia di primer specifici (primer inverso e in avanti) per questo scopo. Per amplificare la regione ITS1, nei protocolli PCR dei laboratori vengono normalmente utilizzati due set di primer. Sono ITS1 avanti e ITS2 indietro o ITS1 avanti e ITS4 indietro.
Cos'è ITS2?
ITS2 è un DNA spaziatore situato tra i geni rRNA 5.8S e 28S negli eucarioti. La regione ITS2 ha una variazione di lunghezza più breve rispetto alla regione ITS1. La variazione di lunghezza di ITS2 è di circa (180-240 bp). Tuttavia, la regione ITS2 è più conservata della regione ITS1 in molte unità tassonomiche. Identifica che tutte le sequenze ITS2 condividono un nucleo comune della struttura secondaria. Inoltre, il 40% della regione ITS2 è conservato tra tutte le angiosperme, mentre è possibile allineare il 50% della regione ITS2 a livello familiare e superiore.
Figura 02: regione ITS2
Indipendentemente dall'ambito di conservazione, l'uso della regione ITS2 è anche molto popolare come la regione ITS1 negli studi sulle relazioni filogenetiche, in particolare nei codici a barre del DNA fungino. Per amplificare la regione ITS2, nei protocolli PCR dei laboratori viene generalmente utilizzato un set di primer specifico. Questo è ITS1 avanti e ITS4 indietro. Ma quando il protocollo PCR utilizza questo set di primer, amplifica anche la regione ITS1 insieme alla regione ITS2. Inoltre, il DNA dello spaziatore ITS2 è molto vicino allo spaziatore trascritto esterno 3' (ETS 3').
Somiglianze tra ITS1 e ITS2
- ITS1 e ITS2 sono due DNA spaziatori situati tra i geni rRNA.
- Sono presenti solo negli eucarioti.
- Entrambi possono essere amplificati utilizzando coppie di primer specifici.
- Sono entrambi escissi nella maturazione dell'rRNA come sottoprodotti non funzionali.
- Entrambi sono molto importanti per gli studi sulle relazioni filogenetiche, specialmente nel codice a barre del DNA fungino.
Differenza tra ITS1 e ITS2
ITS1 è un DNA spaziatore presente tra i geni rRNA 18S e 5.8S negli eucarioti mentre ITS2 è un DNA spaziatore situato tra i geni rRNA 5.8S e 28S negli eucarioti. Quindi, questa è la differenza chiave tra ITS1 e ITS2. Inoltre, ITS1 ha una variazione di lunghezza maggiore rispetto a ITS2. D' altra parte, ITS2 ha una variazione di lunghezza più breve rispetto a ITS1. Questa è un' altra differenza tra ITS1 e ITS2.
L'infografica di seguito elenca le differenze tra ITS1 e ITS2 in forma tabellare per un confronto affiancato.
Riepilogo – ITS1 vs ITS2
La regione trascritta interna (ITS) è un pezzo non funzionale di DNA spaziatore situato tra i geni rRNA. Nei batteri e negli archaea esiste una sola regione ITS. Ma negli eucarioti ci sono due regioni ITS: ITS1 e ITS2. ITS1 è un DNA spaziatore che si trova tra i geni rRNA 18S e 5.8S negli eucarioti, mentre ITS2 è un DNA spaziatore che si trova tra i geni rRNA 5.8S e 28S negli eucarioti. Quindi, questo è il riepilogo della differenza tra ITS1 e ITS2.
