La differenza fondamentale tra retrotrasposoni LTR e non LTR è che i retrotrasposoni LTR sono un tipo di retrotrasposoni che hanno ripetizioni terminali lunghe nella loro struttura, mentre i retrotrasposoni non LTR sono un tipo di retrotrasposoni che non hanno ripetizioni terminali lunghe nella loro struttura.
I retrotrasposoni (elementi trasponibili di classe I o trasposoni tramite RNA intermedi) sono un tipo di componente genetica che può copiarsi e incollarsi in diverse posizioni genomiche. Lo fanno convertendo di nuovo l'RNA in DNA attraverso un processo chiamato trascrizione inversa utilizzando un intermedio di trasposizione dell'RNA. Esistono due tipi principali di retrotrasposoni come retrotrasposoni LTR e non LTR
Cosa sono i retrotrasposoni LTR?
I retrotrasposoni LTR sono un tipo di retrotrasposoni che hanno lunghe ripetizioni terminali nella loro struttura. Lungo filamenti di DNA ripetitivo possono essere trovati a ciascuna estremità di un retrotrasposone LTR. Questi sono noti come ripetizioni terminali lunghe (LTR). Ogni LTR è lungo alcune centinaia di coppie di basi. I retrotrasposoni LTR sono generalmente lunghi più di 5 kilobasi. Inoltre, tra le lunghe ripetizioni terminali, ci sono geni che possono essere trascritti equivalenti ai geni del retrovirus gag e pol. Questi geni si sovrappongono in modo da codificare una proteasi che normalmente elabora la trascrizione risultante in prodotti genici funzionali.
Figura 01: Retrotrasposoni LTR
Il gene Gag dei retrotrasposoni crea un prodotto che si associa ad altri trascritti di retrotrasposoni per formare particelle simili a virus. Il gene Pol produce prodotti che includono enzimi come i domini H della trascrittasi inversa, dell'integrasi e della ribonucleasi. L'enzima trascrittasi inversa effettua la trascrizione inversa del DNA del retrotrasposone. L'enzima integrasi integra il DNA del retrotrasposone nel DNA del genoma eucariotico. I domini della ribonucleasi H sono utili nella scissione dei legami fosfodiestere tra gli intermedi di RNA. I retrotrasposoni LTR codificano anche trascrizioni con siti di legame del tRNA in modo che possano subire una trascrizione inversa abbastanza facilmente. Inoltre, poiché il retrotrasposone contiene informazioni sul genoma eucariotico, può inserire copie di se stesso in altre posizioni genomiche all'interno di una cellula eucariotica.
Cosa sono i retrotrasposoni non LTR?
I retrotrasposoni non LTR sono un tipo di retrotrasposoni che non hanno lunghe ripetizioni terminali nella loro struttura. Come i retrotrasposoni LTR, anche i retrotrasposoni non LTR contengono geni per la trascrittasi inversa, la proteina legante l'RNA, la nucleasi e talvolta i domini H della ribonucleasi. Ma mancano le lunghe ripetizioni terminali; invece, hanno brevi ripetizioni che possono avere un ordine invertito di basi una accanto all' altra. Le proteine che legano l'RNA si legano all'intermedio di trasposizione dell'RNA e le nucleasi rompono i legami fosfodiestere tra i nucleotidi negli acidi nucleici.
Figura 02: Retrotrasposoni LTR e non LTR
Sebbene siano retrotrasposoni, non possono effettuare la trascrizione inversa utilizzando un intermedio di RNA allo stesso modo dei retrotrasposoni LTR. Questo perché i retrotrasposoni non LTR non contengono sequenze che legano il tRNA. Quindi, un retrotrasposone non LTR trascritto in mRNA e tradotto in proteine agisce come trascrittasi inversa. La trascrittasi inversa crea una copia del DNA dell'RNA del retrotrasposone non LTR che può essere integrato nel genoma in un nuovo sito. Inoltre, i retrotrasposoni non LTR si dividono in due tipi: LINE (elementi nucleari a lunga distanza) e SINE (elementi nucleari a breve distanza).
Quali sono le somiglianze tra i retrotrasposoni LTR e non LTR?
- I retrotrasposoni LTR e non LTR sono i due tipi principali di retrotrasposoni.
- Entrambi i tipi contengono geni per enzimi come i domini H della trascrittasi inversa, della proteina legante l'RNA, della nucleasi e della ribonucleasi.
- Si trovano nel genoma umano.
- Entrambi i tipi sono importanti per l'evoluzione.
Qual è la differenza tra retrotrasposoni LTR e non LTR?
I retrotrasposoni LTR hanno lunghe ripetizioni terminali nella loro struttura, mentre i retrotrasposoni non LTR mancano di lunghe ripetizioni terminali nella loro struttura. Pertanto, questa è la differenza chiave tra retrotrasposoni LTR e non LTR. Inoltre, i retrotrasposoni LTR hanno ripetizioni dirette lunghe che sono solo una sequenza di basi che si ripetono. D' altra parte, i retrotrasposoni non LTR hanno brevi ripetizioni che possono avere un ordine invertito di basi una accanto all' altra.
L'infografica sottostante presenta le differenze tra i retrotrasposoni LTR e non LTR in forma tabellare per un confronto affiancato.
Riepilogo – Retrotrasposoni LTR vs Non-LTR
I retrotrasposoni LTR e non LTR sono i due tipi principali di retrotrasposoni. I retrotrasposoni LTR hanno ripetizioni terminali lunghe nella loro struttura, mentre i retrotrasposoni non LTR non hanno ripetizioni terminali lunghe nella loro struttura. Quindi, questa è la differenza chiave tra retrotrasposoni LTR e non LTR.
