Differenza chiave: camminata cromosomica vs s alto
La camminata cromosomica e il s alto cromosomico sono due strumenti tecnici utilizzati in biologia molecolare per individuare i geni sui cromosomi e la mappatura fisica dei genomi. La camminata cromosomica è una tecnica utilizzata per clonare un gene bersaglio in una libreria genomica mediante isolamento ripetuto e clonazione di cloni adiacenti della libreria genomica. Il s alto cromosomico è una versione speciale della camminata cromosomica che supera i punti di rottura della camminata cromosomica. La camminata cromosomica può solo sequenziare e mappare piccole lunghezze di cromosomi mentre il s alto cromosomico consente il sequenziamento di grandi parti di cromosomi. Questa è la differenza fondamentale tra la camminata cromosomica e il s alto cromosomico.
Cos'è la camminata cromosomica?
La camminata cromosomica è uno strumento che esplora le regioni di sequenza sconosciuta dei cromosomi utilizzando frammenti di restrizione sovrapposti. Nella camminata cromosomica, una parte di un gene noto viene utilizzata come sonda e continua a caratterizzare l'intera lunghezza del cromosoma da mappare o sequenziare. Questo va dal marker alla lunghezza del target. Nella camminata cromosomica, le estremità di ciascun frammento sovrapposto vengono utilizzate per l'ibridazione per identificare la sequenza successiva.
Le sonde vengono preparate dai pezzi terminali del DNA clonato e vengono subclonate. Quindi vengono utilizzati per trovare il prossimo frammento sovrapposto. Tutte queste sequenze sovrapposte vengono utilizzate per costruire la mappa genetica del cromosoma e localizzare i geni bersaglio. È un metodo per analizzare lunghi tratti di DNA mediante piccoli frammenti sovrapposti dalla libreria genomica ricostruita.
Tecnica della camminata cromosomica – Passi
- Isolamento di un frammento di DNA che contiene il gene noto o il marcatore vicino al gene bersaglio
- Preparazione della mappa di restrizione del frammento selezionato e subclonazione della regione terminale del frammento da utilizzare come sonda
- Ibridazione della sonda con il successivo frammento sovrapposto
- Preparazione della mappa di restrizione del frammento 1 e subclonazione della regione terminale del frammento 1 da utilizzare come sonda per l'identificazione del successivo frammento sovrapposto.
- Ibridazione della sonda con il successivo frammento sovrapposto 2
- Preparazione della mappa di restrizione del frammento 2 e subclonazione della regione terminale del frammento 2 per fungere da sonda per l'identificazione del successivo frammento sovrapposto
I passaggi precedenti devono essere continuati fino al gene target o fino a 3' alla fine della lunghezza totale della sequenza.
Figura 01: Tecnica della camminata cromosomica
La camminata cromosomica è un aspetto importante della citogenetica per trovare SNP di molti organismi e analizzare le malattie trasmesse geneticamente e trovare mutazioni di geni rilevanti.
Cos'è il s alto cromosomico?
Il s alto cromosomico è una tecnica utilizzata in biologia molecolare per la mappatura fisica dei genomi degli organismi. Questa tecnica è stata introdotta per superare una barriera della deambulazione cromosomica che si è formata dopo aver trovato le regioni ripetitive del DNA durante il processo di clonazione. Pertanto, la tecnica del s alto cromosomico può essere considerata una versione speciale della camminata cromosomica. È un metodo rapido rispetto alla deambulazione cromosomica e consente di bypassare le sequenze ripetitive di DNA che non sono soggette a clonazione durante la deambulazione cromosomica. Il s alto cromosomico riduce il divario tra il gene bersaglio e i marcatori noti disponibili per la mappatura del genoma.
Lo strumento di s alto del cromosoma inizia con il taglio di un DNA specifico con speciali endonucleasi di restrizione e la legatura dei frammenti in anse circolari. Quindi un primer progettato da una sequenza nota viene utilizzato per sequenziare i loop circolari. Questo primer consente di s altare e sequenziare in modo alternativo. Quindi, può bypassare le sequenze di DNA ripetitive e camminare rapidamente attraverso il cromosoma per la ricerca del gene bersaglio.
La scoperta del gene codifica per la malattia della fibrosi cistica è stata effettuata utilizzando lo strumento di s alto cromosomico. Combinati insieme, il s alto cromosomico e la camminata possono migliorare il processo di mappatura del genoma.
Figura 02: S alto cromosomico
Qual è la differenza tra la camminata cromosomica e il s alto?
Camminare cromosomico vs s altare |
|
| Il cromosoma è uno strumento utilizzato in biologia molecolare per la mappatura del genoma e la localizzazione di geni specifici. | Il s alto cromosomico è uno strumento utilizzato per la mappatura fisica dei genomi e la rapida ricerca di geni bersaglio nei cromosomi. |
| Lunghezze comparative del sequenziamento | |
| Solo piccoli frammenti possono essere clonati dalla camminata cromosomica. | Lunghezze maggiori dei cromosomi possono essere mappate dal s alto cromosomico. |
| Clonazione del DNA ripetitivo nei cromosomi | |
| La tecnica della camminata cromosomica ha difficoltà a camminare attraverso le sequenze ripetute di DNA che si trovano nei cromosomi. | Abilita il bypass delle sequenze di DNA ripetitive. Quindi non c'è difficoltà nel trovarli durante il sequenziamento. |
| Fattori che influenzano i processi | |
| Il successo del processo dipende dalle dimensioni del genoma e dalla distanza che deve essere “percorsa” da una posizione genomica nota verso il gene desiderato. | Il successo non dipende dalla dimensione del genoma della distanza dal marker al target. |
| Effetti del DNA non clonato | |
| La camminata cromosomica può essere interrotta da frammenti di DNA non clonati. | La nota più bassa che gli ottavini possono suonare è D4. |
| Necessità di una sequenza nota | |
| Il processo inizia con un gene noto vicino al bersaglio. | Il processo richiede un frammento noto per la progettazione del primer. |
Riepilogo – Camminata cromosomica vs s alto
La camminata cromosomica viene frequentemente applicata quando è noto che un particolare gene si trova vicino a un gene precedentemente clonato in un cromosoma ed è possibile identificarlo con l'isolamento ripetuto di cloni genomici adiacenti dalla libreria genomica. Tuttavia, quando si trovano regioni di DNA ripetitive durante la tecnica di deambulazione cromosomica, il processo non può essere continuato. Quindi, la tecnica si interrompe da quel punto. Il s alto cromosomico è uno strumento biologico molecolare che supera questa limitazione per la mappatura dei genomi. Bypassa queste regioni del DNA ripetitive che sono difficili da clonare e aiuta nella mappatura fisica dei genomi. Questa è la differenza principale tra il cromosoma camminare e s altare.
