Differenza chiave – Legatura finale smussata vs appiccicosa
Le endonucleasi di restrizione sono enzimi specifici che tagliano il DNA a doppio filamento (dsDNA). Sono anche conosciuti come forbici molecolari in biologia molecolare. Gli enzimi di restrizione sono in grado di riconoscere brevi sequenze specifiche del dsDNA note come siti di riconoscimento e scindono i legami fosfodiestere e idrogeno per aprire i doppi filamenti. Come risultato della scissione da parte di questi enzimi, i frammenti di DNA vengono prodotti con diversi tipi di estremità come le estremità appiccicose e le estremità smussate. La DNA ligasi è un enzima utilizzato in biologia molecolare per unire due filamenti adiacenti di DNA formando nuovi legami. Il passaggio è noto come legatura e in base al tipo di legatura finale del DNA, possono essere indicati come legatura dell'estremità smussata e legatura dell'estremità appiccicosa. La differenza chiave tra la legatura dell'estremità smussata e quella adesiva è quella la legatura dell'estremità smussata si verifica tra i frammenti di DNA che contengono due estremità smussate mentre la legatura dell'estremità appiccicosa si verifica tra le sporgenze di 5 'e 3'. Rispetto alla legatura terminale smussata, la legatura terminale adesiva è più efficiente e stabile.
Cos'è una legatura con estremità smussata?
Alcune endonucleasi di restrizione possono tagliare il DNA alle basi opposte e produrre frammenti di DNA con estremità smussata. Questi enzimi sono noti come frese a punta smussata; si attaccano direttamente al centro del sito di restrizione senza lasciare basi a sbalzo a filamento singolo. Le estremità smussate sono anche conosciute come estremità non sporgenti poiché non hanno basi sporgenti da 3 'e 5' alle estremità. Entrambi i fili terminano da coppie di basi in estremità smussate. Gli enzimi di taglio a punta smussata comuni sono EcoRV HaeIII, AluI e SmaI.
La legatura dell'estremità smussata è coinvolta tra due estremità smussate. Non è una legatura di basi sporgenti. Questa legatura è meno efficiente della legatura adesiva. Tuttavia, in alcune occasioni, la legatura dell'estremità smussata diventa più vantaggiosa della legatura dell'estremità appiccicosa, specialmente durante la legatura di prodotti PCR. I prodotti PCR sono sempre prodotti con estremità smussate. La legatura dell'estremità smussata non richiede estremità complementari nel DNA per la legatura.
Figura 01: Produzione finale smussata dall'enzima Eco RV
Cos'è una legatura con estremità appiccicosa?
Alcune endonucleasi di restrizione sono in grado di tagliare il dsDNA, lasciando un pezzo sporgente di DNA a filamento singolo all'estremità. Queste estremità sono conosciute come estremità appiccicose o sporgenti. La legatura dell'estremità appiccicosa si verifica tra due frammenti di DNA che contengono sporgenze corrispondenti perché le estremità adesive sono possedute da basi spaiate e richiedono basi complementari per formare legami. Quindi, è necessario utilizzare lo stesso enzima di restrizione per entrambe le fonti di DNA per produrre i frammenti di legatura corrispondenti.
La legatura terminale appiccicosa è più efficiente ed è spesso altamente desiderabile nei processi di clonazione. Esistono diversi enzimi di restrizione che producono punte appiccicose. Sono EcoRI, BamHI, HindIII ecc.
Figura 02: Produzione finale appiccicosa da parte dell'enzima Eco RI
Qual è la differenza tra la legatura a punta smussata e quella appiccicosa?
Blunt vs Sticky End Ligation |
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| La legatura dell'estremità smussata si verifica tra due frammenti di DNA dell'estremità smussata. | La legatura dell'estremità appiccicosa si verifica tra due frammenti di DNA corrispondenti con estremità adesive. |
| Enzimi | |
| Le frese con estremità smussate producono punte smussate. | Le taglierine appiccicose producono estremità appiccicose o coesive. |
| Requisito dei finali di corrispondenza | |
| Non richiede frammenti corrispondenti o basi complementari. | Richiede basi complementari alle estremità per formare coppie di basi. |
| Efficienza | |
| È meno efficiente della legatura terminale adesiva | È più efficiente della legatura a punta smussata. |
Riepilogo – Legatura con estremità smussata e appiccicosa
Le endonucleasi di restrizione sono in grado di scindere il dsDNA e produrre frammenti di DNA con estremità diverse. Riconoscono sequenze specifiche e limitano il DNA creando estremità appiccicose e smussate. Le estremità appiccicose hanno basi spaiate alla fine dei frammenti. Le estremità smussate sono create a causa di una scollatura diritta e hanno coppie di basi alle estremità. La legatura dell'estremità appiccicosa richiede due pezzi di DNA a filamento singolo complementari. La legatura dell'estremità smussata si verifica tra due frammenti dell'estremità smussata. Questa è la differenza tra legatura smussata e appiccicosa.
