Differenza chiave: trasposasi batteriche vs integrasi retrovirali
Il materiale genetico trasportabile si è evoluto con due strategie principali per spostarsi da una regione alla regione successiva all'interno e tra i genomi. Un metodo consiste nello spostarsi attraverso una molecola di RNA prima della formazione di una molecola di DNA, mentre l' altro percorso coinvolge gli intermedi del DNA. Le trasposasi e le integrasi virali sono esempi di tale materiale genetico trasponibile. Le trasposasi batteriche si legano all'estremità dei trasposoni e facilitano la catalisi del movimento del trasposone in un' altra parte del genoma attraverso vari meccanismi. Le integrasi retrovirali sono enzimi che aiutano nell'integrazione del materiale genetico del retrovirus come l'HIV nel materiale genetico (DNA) della cellula ospite che infetta. Questa è la differenza chiave tra trasposasi batteriche e integrasi retrovirali.
Cosa sono le trasposasi batteriche?
La trasposasi può essere definita come un enzima legato alla fine dei trasposoni che facilita la catalisi del movimento del trasposone in un' altra parte del genoma attraverso vari meccanismi. Tali meccanismi includono il "meccanismo taglia e incolla" e il "meccanismo di trasposizione replicativa". La trasposasi è stata introdotta per la prima volta attraverso la clonazione dell'enzima necessario per la trasposizione del trasposone Tn3. Due importanti strategie sono state utilizzate dagli elementi genetici trasponibili per lo spostamento tra i genomi o da un sito all' altro. Il trasporto attraverso un intermedio di RNA prima della sintesi di una copia del DNA è una strategia mentre l' altra è legata ai soli intermedi del DNA. Le reazioni di ricombinazione che sono coinvolte nell'integrazione di entrambi gli elementi hanno luogo a causa di enzimi specifici dell'elemento. Pertanto, in un'istanza di elementi di DNA, questi enzimi sono noti come trasposasi mentre in un'istanza di elementi di RNA sono noti come integrasi.
Quando si confrontano le differenze tra le due strategie di trasposizione, il processo di inserimento sembra essere identico dal punto di vista chimico. Tuttavia, prove recenti suggeriscono che alcune somiglianze nel meccanismo di integrazione si osservano nelle regioni delle sequenze di amminoacidi che formano un sito attivo; il motivo DDE. Al momento sono state classificate cinque famiglie di trasposasi, ma il numero di famiglie deve ancora aumentare con i nuovi caratteri di trasposasi. Le famiglie includono la trasposasi DDE, la trasposasi tirosina (Y), la trasposasi serina (S), la trasposasi a cerchio rotante, le trascrittasi inverse/endonucleasi (RT/En) ecc. Queste famiglie utilizzano meccanismi catalitici unici per la rottura e il ricongiungimento del DNA. La trasposasi DDE coinvolge il meccanismo taglia e incolla del trasposone originale e trasporta tre serie di amminoacidi conservati, vale a dire; aspartato (D), aspartato (D) e glutammato (E). Le trasposasi della tirosina coinvolgono anche il meccanismo del taglia e incolla mediante l'utilizzo del residuo di tirosina, che è specifico per il sito.
Figura 01: Trasposasi batteriche
Le trasposasi della serina coinvolgono un intermedio di DNA circolare e svolgono il meccanismo del taglia e incolla proprio come sopra le famiglie. La trasposasi del cerchio rotante coinvolge il meccanismo di copia in cui un singolo filamento viene copiato direttamente nel sito bersaglio attraverso la replicazione del DNA. Ciò garantisce che il filamento modello e il filamento copiato abbiano un filamento appena sintetizzato. La trascrittasi inversa/endonucleasi trasposasi ha vari meccanismi per la trasposizione.
Cosa sono le integrazioni retrovirali?
Nel contesto dell'integrasi retrovirale, è considerato un enzima retrovirale che aiuta nell'integrazione del materiale genetico del retrovirus come l'HIV nel materiale genetico (DNA) della cellula infetta. Queste integrasi retrovirali il più delle volte vengono confuse con le integrasi fagiche. Esempi di integrasi fagiche sono λ integrasi fagica. Ma questi sono enzimi completamente diversi e non dovrebbero essere confusi con. Per quanto riguarda la formazione del complesso di preintegrazione retrovirale, l'integrasi retrovirale gioca un ruolo importante. Le proteine dell'integrasi retrovirale sono tipicamente costituite da tre (03) domini canonici. Questi domini sono collegati da linker flessibili.
I tre domini includono un dominio di legame allo zinco terminale N in cui tre fasci elicoidali sono collegati e stabilizzati attraverso la coordinazione con il coinvolgimento di un catione Zn2+, una piega RNasi H dominio del nucleo catalitico e un dominio di legame del DNA terminale C, che è una piega SH3. Attraverso l'indagine e attraverso informazioni biochimiche e strutturali, suggerisce che l'integrasi retrovirale ha la capacità di funzionare come un dimero di dimmer (tetramero). Nel contesto della multimerizzazione e del legame del DNA virale, tutti e tre i domini della proteina integrasi retrovirale. La funzione principale dell'integrasi retrovirale è quella di inserire il suo materiale genetico per ospitare il DNA. Questo passaggio è il passaggio più cruciale nella replicazione virale del virus HIV. Una volta integrato con successo, sarà presente nel DNA cromosomico della cellula per il resto della sua vita.
Figura 02: integrazioni retrovirali
Pertanto, una volta integrato non c'è ritorno per il cellulare. Queste integrasi retrovirali implicano la catalizzazione di due reazioni principali tra cui l'elaborazione dell'estremità 3' e la legatura covalente. Durante l'elaborazione dell'estremità 3', 2-3 nucleotidi da entrambe le estremità 3' del DNA virale vengono rimossi con l'intenzione di rivelare i dinucleotidi CA delle estremità 3' del DNA virale e durante la legatura covalente, le estremità 3' elaborate di il DNA virale è legato in modo covalente al DNA cromosomico ospite.
Qual è la somiglianza tra trasposasi batteriche e integrasi retrovirali?
Sia le trasposasi batteriche che le integrasi retrovirali hanno sequenze di amminoacidi simili
Qual è la differenza tra trasposasi batteriche e integrasi retrovirali?
Trasposasi batteriche vs integrasi retrovirali |
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| La trasposasi batterica è un enzima legato alla fine dei trasposoni mentre facilita la catalisi del movimento del trasposone in un' altra parte del genoma attraverso vari meccanismi. | L'integrasi retrovirale è considerata un enzima retrovirale che assiste nell'integrazione del materiale genetico del retrovirus come l'HIV nel materiale genetico (DNA) della cellula infetta. |
| Regioni vincolanti | |
| Per la trasposizione batterica sono necessarie regioni di legame altamente specifiche. | Sequenza nucleotidica ridotta o assente per il legame. |
Riepilogo – Trasposasi batteriche vs integrasi retrovirali
Le trasposasi batteriche sono considerate un enzima retrovirale che assiste nell'integrazione del materiale genetico del retrovirus come l'HIV nel materiale genetico (DNA) della cellula infetta. Due importanti strategie sono state utilizzate dagli elementi genetici trasponibili per lo spostamento tra i genomi o da un sito all' altro. Al momento sono state classificate cinque famiglie di trasposasi, ma il numero di famiglie deve ancora aumentare con i nuovi caratteri di trasposasi. Integrasi retrovirale, è considerato un enzima retrovirale che assiste nell'integrazione del materiale genetico del retrovirus come l'HIV nel materiale genetico (DNA) della cellula infetta. Le proteine dell'integrasi retrovirale sono tipicamente costituite da tre (03) domini canonici. La funzione principale dell'integrasi retrovirale è quella di inserire il suo materiale genetico per ospitare il DNA. Questo passaggio è il passaggio più cruciale nella replicazione virale del virus HIV. Pertanto, una volta integrato non c'è ritorno per la cellula. Questa è la differenza tra le trasposasi batteriche e l'integrasi retrovirale.
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