La differenza fondamentale tra LINE e SINE è che le LINE (elementi nucleari interspersi lunghi) sono un tipo di retrotrasposoni non LTR più lunghi mentre i SINE (elementi nucleari interspersi corti) sono un tipo di retrotrasposoni non LTR molto più brevi.
I retrotrasposoni non LTR non contengono ripetizioni terminali lunghe (LTR). Tuttavia, contengono geni per la trascrittasi inversa, la proteina legante l'RNA, la nucleasi e il dominio H della ribonucleasi. I retrotrasposoni non LTR hanno brevi ripetizioni. Queste ripetizioni hanno un ordine invertito di basi una accanto all' altra. Oltre a ciò, i retrotrasposoni non LTR hanno anche ripetizioni dirette che si trovano nei trasposoni LRT. I retrotrasposoni non LTR rientrano in due categorie come LINE e SINE.
Cosa sono le LINEE?
LINEs (elementi nucleari lunghi intervallati) sono retrotrasposoni non LTR più lunghi. Sono diffusi nei genomi degli eucarioti. Di solito costituiscono il 21,1% del genoma umano. Ogni LINE è lunga circa 7000 paia di basi. Le LINE possono trascrivere in mRNA e tradursi in una proteina che può funzionare come enzima della trascrittasi inversa. Questa trascrittasi inversa produce copie del DNA dell'RNA delle LINE. Queste copie del DNA possono essere integrate nel genoma in un nuovo sito.
Figura 01: LINEE e SINE
Il genoma umano ha solo una LINEA abbondante chiamata LINE-1. L'elemento LINE-1 è lungo circa 6000 paia di basi. Ci sono circa 100.000 elementi LINE-1 troncati nel genoma umano. La mutazione casuale può verificarsi nelle LINE. A causa di mutazioni casuali, le LINE possono degenerare. Non vengono più trascritti o tradotti. Inoltre, le LINE sono raggruppate in cinque gruppi principali come L1, RTE, R2, I e fantino. Questi cinque gruppi si suddividono ulteriormente in altri 28 clade.
Le LINE vengono normalmente propagate attraverso un meccanismo chiamato meccanismo di trascrizione inversa target primed (TPRT). L'inserimento delle LINE provoca malattie umane come l'emofilia A, il cancro, i disturbi mendeliani, ecc. L'ipometilazione delle LINE innesca anche alcuni tipi di cancro.
Cosa sono i SINE?
SINE (elementi nucleari brevi intervallati) sono un tipo di retrotrasposoni non LTR molto più brevi. Sono lunghe da 100 a 700 paia di basi. I SINE sono anche elementi del DNA che si amplificano attraverso i genomi eucariotici attraverso intermedi di RNA. I SINE costituiscono circa il 13% del genoma dei mammiferi. Le regioni interne dei SINE provengono dal tRNA. Rimane altamente conservato. Sono spesso presenti in molte specie di vertebrati e invertebrati. La variazione del numero di copie e le mutazioni nei SINE possono essere incorporate per costruire la classificazione delle specie basata sulla filogenesi.
SINE possono essere raggruppati in tre tipi principali: CORE-SINEs, V-SINEs e AmnSINEs. L'elemento Alu è il SINE più comune nei primati. Inoltre, ci sono più di 50 malattie umane associate all'inserimento di SINE. Quando si inseriscono all'interno o vicino agli esoni, possono causare giunzioni improprie o modificare il frame di lettura. Questo porta a fenotipi patologici come cancro al seno, cancro al colon, leucemia, emofilia, fibrosi cistica, cancro al colon, malattia di Dent, neurofibromatosi, ecc.
Quali sono le somiglianze tra LINE e SINE?
- LINEs e SINEs sono due tipi di retrotrasposoni non LTR.
- Entrambi non hanno regioni terminali lunghe (LTR).
- Entrambi si trovano prevalentemente solo negli eucarioti.
- Sono entrambi non autonomi.
Qual è la differenza tra LINEE e SINE?
LINEs sono retrotrasposoni non LTR più lunghi, mentre i SINE sono retrotrasposoni non LTR molto più brevi. Quindi, questa è la differenza chiave tra LINE e SINE. Inoltre, LINES codifica per l'enzima della trascrittasi inversa, mentre SINE non codifica per l'enzima della trascrittasi inversa. Quindi, questa è un' altra differenza tra LINE e SINE.
Altre differenze tra LINE e SINE sono elencate di seguito in forma tabellare per un confronto affiancato.
Riepilogo – LINEE vs SINE
I retrotrasposoni si trovano principalmente in tutti gli eucarioti ma assenti nei procarioti. Approssimativamente, il 37% del genoma umano contiene retrotrasposoni. I retrotrasposoni sono principalmente di due tipi: retrotrasposoni LTR e Non-LTR. I retrotrasposoni non LTR non contengono ripetizioni terminali lunghe (LTR), che sono presenti nei retrotrasposoni LTR. I retrotrasposoni non LTR sono ulteriormente suddivisi in due categorie: LINE e SINE. Le LINE sono retrotrasposoni non LTR più lunghi, mentre i SINE sono retrotrasposoni non LTR molto più brevi. Quindi, questo è il riassunto della differenza tra LINE e SINE.
