Differenza chiave – AFLP vs RFLP
Gli studi sul DNA hanno un'importanza immensa nella comprensione e nella determinazione delle relazioni filogenetiche, nella diagnosi delle malattie genetiche e nella mappatura dei genomi degli organismi. Diverse tecniche associate all'analisi del DNA vengono utilizzate anche per l'identificazione di un particolare gene o di una sequenza di DNA in un pool di DNA sconosciuto. Sono conosciuti come marcatori molecolari. Il polimorfismo della lunghezza del frammento amplificato (AFLP) e il polimorfismo della lunghezza del frammento di restrizione (RFLP) sono due di questi marcatori molecolari (metodi) sviluppati in biologia molecolare per rilevare la variazione genetica tra gli organismi. Entrambi i metodi sono ugualmente importanti e presentano vantaggi e svantaggi. Il differenza fondamentale tra AFLP e RFLP è quello AFLP comporta l'amplificazione PCR selettiva del DNA digerito mentre RFLP non implica l'amplificazione PCR selettiva dei frammenti di DNA.
Cos'è l'AFLP?
AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) è uno strumento importante nella biologia molecolare ed è ampiamente utilizzato nell'analisi della variazione genetica. L'AFLP si basa sull'amplificazione PCR specifica del DNA genomico frammentato e sul rilevamento del polimorfismo mediante autoradiografie tramite elettroforesi su gel. L'AFLP contribuisce ampiamente all'identificazione delle differenze genetiche nei ceppi o nelle specie strettamente correlate di vari regni tra cui piante, animali, batteri e funghi. L'AFLP può essere eseguito con piccole quantità di campioni di DNA sconosciuti. Non richiede la conoscenza preliminare della sequenza e la progettazione delle sonde.
Passi di AFLP
- Isolamento del DNA
- Digestione del DNA con endonucleasi di restrizione
- Legatura dei frammenti di DNA ristretti con adattatori
- Amplificazione selettiva dei frammenti con siti di restrizione specifici
- Separazione dei prodotti della PCR mediante elettroforesi su gel
- Visualizzazione della matrice del gel mediante autoradiografia
AFLP è un metodo più sensibile e riproducibile che può essere utilizzato nella profilazione del DNA di diversi taxa inclusi funghi, batteri, piante e animali senza una previa conoscenza delle sequenze di DNA. Aiuta a identificare lievi differenze tra gli individui nelle popolazioni a causa della sua natura altamente sensibile. L'AFLP è importante anche nella mappatura del genoma, negli studi forensi, nei test parentali, nella genotipizzazione, ecc.
Figura 01: AFLP
Cos'è RFLP?
Restriction Fragment Length Polymorphisms (RFLPs) è una tecnica utilizzata per rilevare le variazioni genetiche nelle sequenze di DNA omologhe. È il primo metodo sviluppato per il profilo del DNA. Gli organismi hanno impronte o profili DNA unici. RFLP funge da strumento importante per analizzare la variazione tra i profili di DNA di organismi intraspecifici o strettamente correlati poiché le sequenze omologhe hanno diversi siti di restrizione (località) che sono unici per un particolare organismo. Quando il DNA omologo viene digerito con endonucleasi di restrizione specifiche, si ottengono profili di DNA diversi che sono unici per ciascun individuo. Pertanto, il principale di questo metodo è il rilevamento della variazione genetica tra organismi limitando il DNA omologo con enzimi di restrizione specifici e l'analisi del polimorfismo della lunghezza del frammento tramite elettroforesi su gel e blotting. I modelli di blotting sono unici per ciascun organismo e caratterizzano i genotipi specifici.
Passi di RFLP
- Isolamento di una quantità sufficiente di DNA dai campioni
- Frammentazione dei campioni di DNA con endonucleasi di restrizione specifiche in una breve sequenza
- Separazione dei frammenti risultanti con lunghezze diverse mediante elettroforesi su gel di agarosio.
- Trasferimento del profilo del gel in una membrana mediante Southern blotting
- Ibridazione della membrana con sonde marcate e analisi del polimorfismo della lunghezza del frammento in ciascun profilo
RFLP è una tecnica molto importante per rilevare l'ereditarietà della malattia e trovare il rischio di insorgenza della malattia tra i membri della famiglia. RFLP è anche spesso utilizzato nella mappatura del genoma, nell'identificazione di criminali in medicina legale, nei test di paternità, ecc. Anche l'RFLP ha diverse limitazioni. RFLP richiede la conoscenza preliminare dei dati di sequenza per progettare sonde per l'ibridazione. Richiede anche l'isolamento di una quantità sufficiente di DNA dal campione da analizzare, cosa difficile negli studi forensi.
Figura 01: mappatura RRFLP
Qual è la differenza tra AFLP e RFLP?
ALFP vs RFLP |
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| AFLP comporta l'amplificazione PCR selettiva del DNA digerito. | RFLP non coinvolge la PCR a meno che non sia PCR-RFLP. |
| Conoscenza della sequenza | |
| Non è richiesta la conoscenza della sequenza precedente. | Per progettare sonde RFLP è richiesta una conoscenza preliminare della sequenza. |
| Affidabilità | |
| Questo è più affidabile. | Questo è meno affidabile rispetto ad AFLP. |
| Efficienza nel rilevamento del polimorfismo | |
| Questo ha una maggiore efficienza nel rilevare il polimorfismo rispetto a RFLP. | Questo è meno efficiente rispetto ad AFLP. |
| Costo | |
| Questo è un po' costoso rispetto a RFLP. | Questo è meno costoso rispetto ad AFLP. |
| Applicazioni | |
| Gli AFLP sono stati applicati alla mappatura del genoma, al fingerprinting del DNA, agli studi sulla diversità genetica, ai test di paternità e alla medicina legale | L'analisi RFLP è uno strumento importante nella mappatura del genoma, nella localizzazione dei geni per le malattie genetiche, nella determinazione del rischio di malattia e nei test di paternità. |
Riepilogo – AFLP vs RFLP
AFLP e RFLP sono due tecniche utilizzate come marcatori genetici per la valutazione della diversità e la valutazione delle relazioni genetiche nella biologia molecolare. AFLP funge da metodo efficiente e sensibile per il rilevamento del polimorfismo genetico tra organismi rispetto a RFLP. Tuttavia, sebbene entrambi questi metodi abbiano efficienze diverse nel rilevamento delle variazioni genetiche, sono ancora utilizzati per il fingerprinting del DNA e la diagnosi delle malattie.
