Differenza chiave – RAPD vs RFLP
I marcatori genetici vengono utilizzati in biologia molecolare per identificare le variazioni genetiche tra individui e specie. Il DNA polimorfico amplificato casuale (RAPD) e il polimorfismo della lunghezza del frammento di restrizione (RFLP) sono due importanti marcatori molecolari utilizzati di routine nei laboratori. RAPD viene eseguito con primer oligonucleotidici brevi e arbitrari e si basa sull'amplificazione casuale delle posizioni multiple in tutto il DNA stampo dell'organismo. L'RFLP viene eseguito con una specifica endonucleasi di restrizione e si basa sul polimorfismo dei frammenti di restrizione risultanti e sull'ibridazione. Il differenza fondamentale tra RAPL e RFLP è quello RAPD è un tipo di tecnica PCR eseguita senza la precedente conoscenza della sequenza mentre RFLP non è coinvolto nella PCR e richiede una conoscenza preliminare della sequenza per eseguire la tecnica.
Cos'è RAPD?
RAPD è un utile marker molecolare in biologia molecolare. È una tecnica facile e veloce. RAPD può essere definito come un metodo che si traduce in sequenze di DNA polimorfico come risultato dell'amplificazione casuale di più posizioni del modello di DNA bersaglio. RAPD utilizza primer oligonucleotidici brevi con sequenze arbitrarie per l'amplificazione PCR. I primer sono sintetizzati artificialmente senza la previa conoscenza della sequenza. Quindi, è considerata una tecnica facile e utile.
In RAPD sono coinvolti i seguenti passaggi principali.
- Estrazione del DNA bersaglio
- Amplificazione delle posizioni multiple del DNA bersaglio utilizzando primer scelti casualmente
- Elettroforesi su gel dei prodotti PCR amplificati
- Colorazione con bromuro di etidio e identificazione del polimorfismo
Come risultato della variazione nella ricottura del primer, durante l'amplificazione vengono generati frammenti diversi con lunghezze diverse. Quindi, i modelli di bande sui gel sono diversi tra individui e specie. Pertanto, RAPD consente di rilevare la variazione genetica tra gli organismi nell'identificazione e nella differenziazione.
RAPD è applicato in vari studi di biologia molecolare come l'identificazione della differenza genetica tra specie strettamente correlate, mappatura genetica, fingerprinting del DNA, identificazione di malattie ereditarie, ecc.
Figura 01: RAPD
Cos'è RFLP?
Restriction Fragment Length Polymorphisms (RFLPs) è un marcatore molecolare utilizzato in biologia molecolare per l'identificazione della variazione genetica nelle sequenze di DNA omologhe. È il primo marcatore genetico sviluppato per il fingerprinting del DNA. Tutti gli organismi producono profili DNA unici quando limitati con enzimi di restrizione specifici. RFLP funge da strumento importante nella produzione di profili DNA unici degli individui e nel rilevamento della variazione genetica tra di loro. Quando i campioni di DNA vengono digeriti con endonucleasi di restrizione specifiche, si ottengono diversi profili di DNA che sono unici per ciascun individuo. Pertanto, il principale di questo metodo è il rilevamento della variazione genetica tra organismi limitando il DNA omologo con enzimi di restrizione specifici e l'analisi del polimorfismo della lunghezza del frammento tramite elettroforesi su gel e blotting. I modelli di blotting sono unici per ciascun organismo e caratterizzano i genotipi specifici.
I seguenti passaggi sono coinvolti con RFLP.
- Isolamento di una quantità sufficiente di DNA dai campioni
- Frammentazione dei campioni di DNA con endonucleasi di restrizione specifiche in una breve sequenza
- Separazione dei frammenti risultanti con lunghezze diverse mediante elettroforesi su gel di agarosio.
- Trasferimento del profilo del gel in una membrana mediante Southern blotting
- Ibridazione della membrana con sonde marcate e analisi del polimorfismo della lunghezza del frammento in ciascun profilo
RFLP ha varie applicazioni come diagnosi di malattie ereditarie, mappatura del genoma, identificazione criminale negli studi forensi, test di paternità, ecc.
Figura 02: Genotipizzazione RFLP
Qual è la differenza tra RAPD e RFLP?
RAPD vs RFLP |
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| RAPD è un marcatore molecolare basato su primer casuali e PCR. | RFLP è un marcatore molecolare basato sulla produzione di frammenti di restrizione di diversa lunghezza. |
| Campione richiesto | |
| Piccoli campioni di DNA sono sufficienti per l'analisi RAPD. | Per l'analisi RFLP è necessaria una grande quantità di campione di DNA estratto. |
| Tempo | |
| RAPD è un processo rapido. | RFLP è un processo che richiede tempo. |
| Utilizzo primer | |
| Vengono utilizzati primer casuali e gli stessi primer possono essere utilizzati per specie diverse. | Le sonde specifiche per specie vengono utilizzate in RFLP per l'ibridazione. |
| Affidabilità | |
| L'affidabilità della tecnica è inferiore rispetto a RFLP. | RFLP è una tecnica affidabile. |
| Asciugatura | |
| RAPD comporta il Southern blotting. | Il Southern blotting è un passaggio della RFLP. |
| Rilevamento di variazioni alleliche | |
| Le variazioni alleliche non possono essere rilevate da RAPD. | Le variazioni alleliche possono essere rilevate da RFLP. |
| Necessità di conoscenza della sequenza | |
| RAPD non richiede una conoscenza preliminare della sequenza. | Per la progettazione della sonda è richiesta una conoscenza preliminare della sequenza. |
| PCR | |
| La PCR è coinvolta con RAPD | La PCR non è coinvolta con RFLP. |
| Riproducibilità | |
| RAPD ha una bassa riproducibilità | RFLP ha un'elevata riproducibilità rispetto a RAPD. |
Riepilogo – RAPD vs RFLP
RAPD e RFLP sono importanti marcatori utilizzati in biologia molecolare. Entrambi i metodi sono in grado di rilevare la variazione genetica tra gli organismi. RAPD viene eseguito utilizzando primer casuali. RFLP viene eseguito utilizzando specifici enzimi di restrizione. Entrambi i metodi producono profili DNA unici per i singoli organismi. RAPD è coinvolto in pochi passaggi rispetto a RFLP. Ma produce risultati meno affidabili e riproducibili rispetto a RFLP. Questa è la differenza principale tra RAPD e RFLP.
