Differenza chiave – Primer avanti e indietro
La reazione a catena della polimerasi (PCR) è un metodo di amplificazione del DNA utilizzato nelle applicazioni di biologia molecolare. È una tecnica comunemente usata che produce da milioni a miliardi di copie di una sequenza di DNA particolarmente interessata. È un metodo in vitro eseguito in laboratorio. La tecnica della PCR dipende totalmente dalla DNA polimerasi prodotta in commercio chiamata Taq polimerasi. E richiede anche molti altri componenti e un adeguato mantenimento della temperatura. Un componente importante sono i primer. I primer sono le brevi sequenze di DNA specificamente progettate per la sequenza di DNA bersaglio. Di solito sono lunghi circa 20 nucleotidi. La Taq polimerasi catalizza l'aggiunta di nucleotidi nella sequenza nucleotidica preesistente. Quindi, i primer sono serviti come punti di partenza per la sintesi di nuovi filamenti. La Taq polimerasi funziona solo nella direzione da 5' a 3', quindi la sintesi del DNA avviene nella stessa direzione da 5' a 3'. Poiché il DNA è a doppio filamento, nella PCR sono necessari due tipi di primer. Sono conosciuti come primer in avanti e primer inverso. I primer diretti e inversi sono definiti in base alla direzione dell'allungamento del primer nel DNA quando si verifica la sintesi del DNA. Il primer forward si ricopre con il filamento di DNA antisenso e avvia la sintesi del filamento +ve del gene nella direzione da 5' a 3'. Il primer inverso si ricopre con il filamento di senso e avvia la sintesi del filamento complementare del filamento di codifica; che è -ve il filamento del gene nella direzione 5'a 3'. Questa è la differenza fondamentale tra i primer forward e reverse.
Cos'è un Forward Primer?
L'orientamento in avanti è la sintesi del filamento codificante o del filamento sensoriale di un gene. La Taq polimerasi catalizza la sintesi di un nuovo filamento nella direzione da 5' a 3'. La sintesi del filamento codificante avviene quando il primer si ricopre con il filamento non codificante o antisenso e si allunga in direzione da 5' a 3'.
Figura 01: Primer avanti e indietro
Il primer che ricopre con il filamento antisenso o il filamento non codificante o il filamento modello è noto come primer forward poiché il primer forward funge da punto di partenza per la sintesi del filamento codificante o del filamento positivo del gene. Il primer diretto ha una breve sequenza nucleotidica che è complementare all'estremità fiancheggiante 3' del filamento antisenso. Si ibrida con il filamento antisenso e facilita la Taq polimerasi ad aggiungere nucleotidi complementari al filamento stampo.
Cos'è un primer inverso?
Il primer inverso è la breve sequenza di DNA che si ricopre con l'estremità 3' del filamento sensoriale o del filamento codificante. Il primer inverso serve come punto di partenza per sintetizzare un filo complementare della sequenza codificante o della sequenza non codificante. Il primer inverso è progettato complementare all'estremità 3' del filamento di codifica. Quindi, si ricopre con l'estremità 3' fiancheggiante del filamento di codifica e consente alla Taq polimerasi di sintetizzare il filamento antisenso o il filamento modello. Poiché il suo orientamento è inverso, questo primer è etichettato come primer inverso.
Sia i primer reverse che forward sono importanti per la produzione da milioni a miliardi di copie di particolari regioni di DNA che sono prese di mira o interessate.
Quali sono le somiglianze tra il primer forward e reverse?
- Sia i primer Forward che Reverse sono costituiti da oligonucleotidi.
- Sia i primer diretti che quelli inversi possiedono una breve sequenza nucleotidica complementare alle estremità fiancheggianti dei doppi filamenti di DNA.
- Sia i primer Forward che Reverse sono solitamente costituiti da 20 nucleotidi.
- Nelle reazioni a catena della polimerasi vengono utilizzati sia primer forward che reverse.
- Sia i primer forward e reverse sono sintetizzati commercialmente.
- Sia i primer Forward che Reverse sono stabili alla temperatura e normalmente hanno Tm simili.
- Sia i primer forward che reverse vengono ricotti con le sequenze di DNA target.
- Sia i primer forward che reverse sono progettati in base alle reazioni della PCR.
- Sia i primer forward che reverse servono come punti di partenza per l'amplificazione del DNA.
- Sia i primer reverse e forward sono importanti per la produzione di milioni di copie di regioni particolari di sequenze di DNA mirate o interessate.
Qual è la differenza tra primer avanti e indietro?
Principiante in avanti vs Primer inverso |
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| Forward primer è la breve sequenza di DNA che si ibrida con l'estremità 3' del filamento non codificante o modello del gene e funge da punto di partenza per sintetizzare la sequenza codificante. | Il primer inverso è la breve sequenza di DNA che si ibrida con l'estremità 3' del filamento codificante o non modello e funge da punto di partenza per sintetizzare la sequenza non codificante. |
| Filo di ricottura | |
| Ricottura del primer con filamento di dima. | Cottura del primer inverso con il filamento non modello. |
| Nuova sequenza risultante | |
| Il primer in avanti facilita la sintesi della sequenza di codifica. | Il primer inverso facilita la sintesi della sequenza non codificante. |
Riepilogo – Primer avanti e indietro
Ci sono due tipi di primer coinvolti nella tecnica PCR. Sono primer avanti e indietro. Sulla base dell'allungamento del primer nella nuova sintesi del filamento di DNA, questi primer sono etichettati o denominati. La Taq polimerasi sintetizza il nuovo DNA con orientamento da 5' a 3'. Quindi, i primer sono progettati come complementari alle estremità 3' dei doppi fili. Il primer diretto che si allunga nella direzione da 5 'a 3' si ibrida con l'estremità 3' dell'antisenso o il modello o la sequenza non codificante. Serve come punto di partenza per sintetizzare la sequenza di codifica. Il primer inverso che si allunga nella direzione da 5 'a 3' si ibrida con l'estremità 3' della codifica o il non modello o il filo di senso. Serve come punto di partenza per sintetizzare la sequenza non codificante. Questa è la differenza tra il primer forward e reverse.
