La differenza chiave tra metagenomica e metatrascrittomica si basa sul tipo di biomolecole studiate in ciascuna area. La metagenomica studia il DNA, le sue sequenze e il suo comportamento negli organismi, mentre la metatrascrittomica studia il DNA trascritto, principalmente le sequenze di mRNA e il suo comportamento negli organismi.
Metagenomica e metatrascrittomica sono due campi che hanno guadagnato molta popolarità nel corso degli anni in relazione alla comunità microbica. Sono importanti nell'assistenza sanitaria, nell'industria e nella biotecnologia agricola. Sia la metagenomica che la metatrascrittomica consentono lo studio dei singoli organismi in una comunità e dei loro ruoli funzionali che sono benefici o dannosi.
Cos'è la metagenomica?
La metagenomica è il campo di studio che esplora l'acido desossiribonucleico (DNA). È più rilevante per la comunità microbica. Inoltre, è un campo più avanzato rispetto alla genomica. In genomica, avviene l'analisi del DNA di un particolare organismo. Tuttavia, la metagenomica implica l'analisi del materiale genetico attraverso una comunità di organismi. Ciò consente quindi di studiare il comportamento di una comunità di organismi relativi a una condizione o a un ambiente.
Figura 01: Metagenomica
La tecnica principale coinvolta negli studi di metagenomica è il Next Generation Sequencing (NGS) che utilizza la tecnologia dei micro-array. I metodi NGS possono analizzare più organismi in una singola reazione per la presenza o l'assenza di sequenze di DNA specifiche. Queste sequenze di DNA possono essere responsabili di una singola condizione patologica o di una condizione ambientale. Quindi, utilizzando la conoscenza metagenomica, lo screening degli organismi può essere eseguito in modo semplice e accurato. Il sequenziamento durante NGS avviene in brevi letture e avviene la profilazione del DNA degli organismi. La sequenza del DNA 16s è una sequenza popolare studiata nella metagenomica relativa ai microrganismi.
Dopo il sequenziamento della comunità di organismi, si dovrebbe eseguire l'allineamento delle sequenze. Strumenti come lo strumento Basic Local Alignment Sequence (BLAST) sono in uso per svolgere il compito di allineamento. Dopo l'allineamento, un albero filogenetico fornisce la relazione di ogni organismo nella comunità e i dettagli relativi al suo comportamento.
Cos'è la metatrascrittomica?
La metatrascrittomica è il campo di studio che si occupa del trascrittoma di un organismo. Il trascrittoma costituisce l'intera sequenza di RNA trascritta durante la trascrizione del DNA. Le sequenze di mRNA presenti nel trascrittoma forniscono informazioni sull'espressione genetica. La metatrascrittomica è l'analisi di più trascrittomi tra popolazioni o comunità.
Figura 02: Analisi del trascrittoma
Gli studi di metatrascrittomica utilizzano anche tecnologie di microarray per trovare le sequenze delle brevi sequenze di lettura. Inoltre, la metatrascrittomica implica anche un'analisi bioinformatica approfondita utilizzando strumenti di allineamento e metodi di progettazione degli alberi. Tuttavia, il campo della metatrascrittomica è molto più difficile rispetto alla metagenomica. L'estrazione dell'mRNA o dell'RNA nel suo insieme non è così facile come sembra. Poiché l'RNA è altamente incline alla distruzione e ha un tempo di vita molto breve, il mantenimento e la conservazione di questi potrebbe essere una possibile domanda.
Quali sono le somiglianze tra metagenomica e metatrascrittomica?
- Metagenomica e metatrascrittomica sono tecniche ad alto rendimento per analizzare comunità di organismi, principalmente comunità microbiche.
- Entrambe le tecniche utilizzano la tecnologia dei microarray per dedurre i risultati.
- I risultati ottenuti vengono spesso analizzati utilizzando l'allineamento BLAST e gli alberi filogenetici.
- Inoltre, entrambe le tecniche non si concentrano su un organismo, ma su un gruppo o organismi di comunità.
- Inoltre, entrambi i concetti sono studiati principalmente in relazione ai microbi, il motivo principale è il loro diverso ruolo svolto.
Qual è la differenza tra metagenomica e metatrascrittomica?
Metagenomica e Metatrascrittomica implicano l'analisi della materia genetica in una comunità di organismi. Pertanto, la metagenomica riguarda i modelli e le sequenze del DNA mentre la metatrascrittomica si riferisce all'analisi dell'mRNA o del DNA trascritto. Quindi, questa è la differenza chiave tra metagenomica e metatrascrittomica.
Inoltre, la procedura di estrazione differisce in entrambe le tecniche; la metagenomica coinvolge le procedure di estrazione del DNA e la metatrascrittomica coinvolge le procedure di estrazione dell'RNA. Quindi, questa è anche una differenza significativa tra metagenomica e metatrascrittomica.
L'infografica qui sotto riassume la differenza tra metagenomica e metatrascrittomica:
Riepilogo – Metagenomica vs Metatrascrittomica
Metagenomica e metatrascrittomica sono nuovi campi di studio che analizzano una comunità di organismi per una particolare condizione. Pertanto, la metagenomica si riferisce all'analisi delle sequenze di DNA. Al contrario, la metatrascrittomica si riferisce all'analisi di sequenze di RNA o prodotti di DNA trascritti. A questo proposito, la metatrascrittomica consente l'identificazione dell'espressione genica per un caso particolare. Entrambi sono importanti nell'analisi delle mutazioni e dei loro effetti. Si tratta di tecniche rapide e più affidabili utilizzate nella diagnosi anticipata. Quindi, questo è il riassunto della differenza tra metagenomica e metatrascrittomica.
