La differenza fondamentale tra QTL e GWAS si basa sul tipo di sequenze utilizzate nell'analisi. QTL utilizza loci del gene di collegamento per analizzare i tratti fenotipici associati all'ereditarietà poligenica mentre GWAS utilizza le sequenze dell'intero genoma per analizzare i polimorfismi a singolo nucleotide di una particolare condizione.
Le mappe QTL e GWAS svolgono un ruolo importante nelle analisi genetiche per i diversi tratti. Inoltre, sono importanti nell'analisi di varie condizioni patologiche con eziologia sconosciuta. Inoltre, il sequenziamento gioca un ruolo chiave in entrambe le tecniche. Queste tecniche possono essere ulteriormente accoppiate con altre tecniche ad alta produttività per una maggiore accuratezza e precisione.
Cos'è QTL?
QTL sta per Quantitative Trait Locus. È una regione del DNA associata a un tratto fenotipico. Generalmente, un QTL dà luogo a effetti poligenici. La distribuzione dei QTL varia e il numero di QTL suggerisce il grado di variazione di un particolare tratto fenotipico. Inoltre, in genere codificano per tratti sottostanti continui e non tratti distinti.
Dopo l'identificazione delle regioni QTL, è importante sequenziare una particolare area QTL. Inoltre, per facilitare le indagini e la ricerca, il sequenziamento e la memorizzazione dei dati di sequenza delle regioni QTL comuni avvengono con il coinvolgimento della bioinformatica. Chiamiamo questa tecnica mappatura QTL. Successivamente, viene creato un database con le sequenze della regione QTL.
Figura 01: Scansione QTL
Inoltre, le applicazioni delle sequenze QTL si basano principalmente sullo strumento BLAST, dove è possibile determinare la somiglianza delle sequenze. È importante per dedurre le relazioni tra gli organismi. Inoltre, è importante nel determinare la complessità di un particolare fenotipo poligenico. Determina anche l'evoluzione di un particolare tratto.
Attualmente, l'analisi QTL è combinata con altre tecniche ad alto rendimento come i microarray di DNA. Questo è importante nell'analisi dell'espressione del fenotipo. Attualmente, gli scienziati sono molto interessati allo sviluppo del database QTL poiché le regioni QTL sono responsabili di molti tratti importanti di specie diverse.
Cos'è GWAS?
GWAS sta per Genome Wide Association Study. Si riferisce anche a studi di associazione dell'intero genoma. Questi studi si concentrano principalmente su studi osservazionali. Analizza le varianti genetiche di diversi individui solitamente associate a un tratto specifico. Inoltre, l'intero genoma è importante per l'analisi GWAS.
Figura 02: GWAS
GWAS è uno strumento importante nell'analisi dei polimorfismi a singolo nucleotide associati a varie condizioni patologiche. Questo è anche uno studio comparativo dei diversi polimorfismi a singolo nucleotide in un'ampia popolazione. Inoltre, il campione di studio di GWAS è molto elevato; quindi, assume anche il formato di uno studio di coorte trasversale.
Inoltre, è stato condotto il primo studio GWAS sull'infarto del miocardio e sull'analisi dei geni associati all'infarto del miocardio. Attualmente, GWAS svolge un ruolo importante nel determinare il background genetico di malattie complesse con eziologia sconosciuta.
Quali sono le somiglianze tra QTL e GWAS?
- Si basano sui dati delle sequenze di DNA per l'analisi.
- Entrambi sono associati al background genetico di vari personaggi.
- Inoltre, richiedono strumenti bioinformatici per dedurre e interpretare i risultati.
- Sono fatti su grandi popolazioni.
Qual è la differenza tra QTL e GWAS?
QTL analizza i tratti fenotipici associati all'ereditarietà poligenica utilizzando loci genici collegati mentre GWAS analizza i polimorfismi a singolo nucleotide di una particolare condizione utilizzando sequenze dell'intero genoma. Pertanto, questa è la differenza chiave tra QTL e GWAS. La mappatura QTL è una tecnica relativamente meno complessa di GWAS poiché richiede il sequenziamento dell'intero genoma.
L'infografica qui sotto riassume la differenza tra QTL e GWAS in forma tabellare.
Riepilogo – QTL vs GWAS
La mappatura QTL e GWAS svolgono un ruolo importante nel determinare il background genetico di vari tratti fenotipici. Aiutano anche ad analizzare il background genetico di diverse malattie. La mappatura QTL mappa i geni di collegamento responsabili dei tratti continui e implica anche la mappatura dei geni dell'ereditarietà poligenica. GWAS, d' altra parte, si svolge con l'analisi dell'intero genoma per polimorfismi a singolo nucleotide. Inoltre, ciò avviene in una popolazione più ampia. Quindi, questo è il riassunto della differenza tra QTL e GWAS.
