La differenza fondamentale tra NGS e WGS è che il sequenziamento di nuova generazione (NGS) è una tecnologia di sequenziamento di seconda generazione massicciamente parallela che è ad alto rendimento, basso costo e veloce, mentre il sequenziamento dell'intero genoma (WGS) è un metodo completo per analizzare l'intero DNA genomico di una cellula in una sola volta utilizzando tecniche di sequenziamento come il sequenziamento di Sanger, l'approccio del fucile o il sequenziamento NGS ad alto rendimento.
Negli ultimi decenni, la comprensione del genoma degli esseri umani e di altri animali è aumentata enormemente grazie alla scoperta di tecniche di sequenziamento rapido e strumenti bioinformatici. Le tecniche di sequenziamento convenzionali come il sequenziamento Sanger avevano i loro limiti, che richiedevano lo sviluppo di nuovi metodi di sequenziamento rapido come il sequenziamento di nuova generazione (NGS) e il sequenziamento dei nanopori. La tecnica di sequenziamento dell'intero genoma (WGS) è un approccio recente già utilizzato in molti progetti di ricerca genomica, come il progetto 100.000 genomic di Genomic England, Regno Unito. Quindi, NGS e WGS sono due metodi di sequenziamento che sono attualmente incorporati in molti progetti genomici.
Cos'è NGS?
NGS (sequenziamento di nuova generazione) è una tecnologia di sequenziamento di seconda generazione massicciamente parallela che offre un throughput elevato, un basso costo e una velocità. Non esiste una definizione precisa per il sequenziamento di prossima generazione. Ma possiamo distinguerlo chiaramente dalle convenzionali tecniche di sequenziamento a base capillare. Il sequenziamento di nuova generazione consente il sequenziamento di una molecola di DNA con una dimensione totale superiore a 1 milione di paia di basi in un singolo esperimento. Offre velocità senza precedenti e opzioni di throughput elevate, come consentire il sequenziamento del DNA di più individui contemporaneamente. Ciò si ottiene miniaturizzando il volume delle singole reazioni di sequenziamento. Inoltre, ciò limita anche le dimensioni degli strumenti e riduce al minimo il costo dei reagenti per reazione.
Figura 01: Piattaforme NGS
NGS è un metodo di sequenziamento a lettura breve che ha già rivoluzionato il campo della ricerca biologica. Inoltre, NGS viene applicato in varie aree come il sequenziamento del genoma de novo, il sequenziamento dell'intero genoma, l'analisi del trascrittoma, il sequenziamento di piccoli RNA e micro RNA, il risequenziamento mirato e il sequenziamento dell'intero esoma.
Cos'è il WGS?
WGS (sequenziamento dell'intero genoma) è un metodo completo per analizzare l'intero DNA genomico di una cellula in una sola volta utilizzando tecniche di sequenziamento come il sequenziamento di Sanger, l'approccio del fucile o il sequenziamento NGS ad alto rendimento. È anche noto come sequenziamento completo del genoma o sequenziamento completo del genoma. Il sequenziamento dell'intero genoma comporta il sequenziamento di tutto il DNA cromosomico di un organismo e del DNA nei mitocondri e, per le piante, il DNA nel cloroplasto in una sola volta. Il WGS consente agli scienziati di leggere l'esatta sequenza di tutte le lettere che compongono l'insieme completo del DNA. Si prevede che il WGS che utilizza la piattaforma NGS rivoluzionerà l'impostazione clinica.
Figura 02: WGS vs Sequenziamento gerarchico dei fucili
Il sequenziamento dell'intero genoma è stato introdotto nell'assistenza clinica nel 2014. Inoltre, l'applicazione del WGS prevede il sequenziamento genico a livello di SNP per individuare le varianti funzionali negli studi di associazione, l'intervento terapeutico nella medicina personalizzata, la biologia evolutiva, l'analisi genomica comparativa, studi sulle mutazioni e sui riarrangiamenti, studi sull'associazione di varianti rare e sulla predizione della suscettibilità alla malattia e della risposta ai farmaci.
Quali sono le somiglianze tra NGS e WGS?
- NGS e WGS sono due tecniche di sequenziamento.
- Entrambe le tecniche sequenziano il DNA o l'RNA.
- Queste tecniche sono nuove e affidabili.
- Sono entrambi usati nella diagnosi di malattie e nella scoperta di farmaci.
Qual è la differenza tra NGS e WGS?
NGS è una tecnologia di sequenziamento massicciamente parallela di seconda generazione che è ad alto rendimento, basso costo e veloce, mentre WGS è un metodo completo per analizzare l'intero DNA genomico di una cellula in una sola volta utilizzando tecniche di sequenziamento come come il sequenziamento Sanger, l'approccio con fucile o il sequenziamento NGS ad alto rendimento. Quindi, questa è la differenza chiave tra NGS e WGS. Inoltre, NGS è costituito solo da metodi di sequenziamento di seconda generazione mentre WGS è costituito da metodi di sequenziamento di prima, seconda e terza generazione.
La tabella seguente presenta le differenze tra e NGS e WGS in forma tabellare per un confronto affiancato.
Riepilogo – NGS vs WGS
Negli ultimi decenni, diverse tecniche di sequenziamento sono state regolarmente applicate nella ricerca molecolare contemporanea. E anche loro sono strumenti molto potenti per molte applicazioni cliniche. NGS e WGS sono due metodi di sequenziamento che sono attualmente incorporati in molti progetti genomici. NGS è una tecnologia di sequenziamento di seconda generazione ad alta produttività, a basso costo e veloce. D' altra parte, WGS è un metodo per analizzare l'intero DNA genomico o l'intero DNA genomico di una cellula in una sola volta utilizzando tecniche di sequenziamento come il sequenziamento di Sanger, l'approccio del fucile o il sequenziamento NGS ad alto rendimento. Quindi, questo è il riassunto della differenza tra NGS e WGS.
