La differenza fondamentale tra BLAST e FastA è che BLAST è uno strumento di allineamento di base disponibile sul sito Web del Centro nazionale per le informazioni sulla biotecnologia, mentre FastA è uno strumento di ricerca di somiglianze disponibile sul sito Web dell'Istituto europeo di bioinformatica.
BLAST e FastA sono due software ampiamente utilizzati per confrontare sequenze biologiche di DNA, amminoacidi, proteine e nucleotidi di specie diverse e cercare le loro somiglianze. Questi algoritmi sono stati scritti tenendo presente la velocità. Perché, quando gli scienziati sono stati in grado di isolare il DNA in laboratorio a metà degli anni '80, ha sollevato la necessità di confrontare e trovare geni identici per ulteriori ricerche ad alta velocità. Quindi, questi due software sono stati sviluppati in modo che l'utente possa eseguire una ricerca veloce di sequenze simili a quelle delle loro sequenze di query.
BLAST è l'acronimo di Basic Local Alignment Search Tool e utilizza l'approccio localizzato per confrontare le due sequenze. FastA è un software che si riferisce a Fast A dove A sta per All. Qui, il software funziona con alfabeti come Fast A per il sequenziamento del DNA e Fast P per proteine. Sia BLAST che FastA sono molto veloci nel confrontare qualsiasi database del genoma e sono, quindi, molto redditizi dal punto di vista monetario e risparmiando tempo.
Cos'è BLAST?
BLAST è uno dei software di bioinformatica più utilizzati che è stato sviluppato nel 1990. Da allora, è disponibile per tutti sul sito dell'NCBI. Inoltre, chiunque può accedere a questo software e utilizzarlo. Inoltre, BLAST è un software che necessita di dati di input o sequenze in formato FastA. Tuttavia, fornisce dati di output in formato testo normale, HTML o XML. BLAST funziona secondo un principio di ricerca di somiglianze localizzate tra due sequenze e un breve elenco delle sequenze simili, quindi cerca le somiglianze di vicinato.
Figura 01: Risultati BLAST
Quindi, questo software ricerca un numero elevato di regioni locali simili e fornisce il risultato al raggiungimento di un valore di soglia. Tuttavia, questo processo è diverso dal software precedente, che prima effettua una ricerca nell'intera sequenza e poi esegue il confronto, richiedendo quindi molto tempo.
Oltre al controllo della somiglianza di cui sopra, BLAST ha molti altri usi come la mappatura del DNA, il confronto di due geni identici in specie diverse, la creazione di un albero filogenetico, ecc.
Cos'è FastA?
FastA è un software di allineamento di sequenze proteiche. David J. Lipman e William R. Pearson hanno descritto questo software nel 1985. Sebbene l'uso iniziale di questo software fosse quello di confrontare solo le sequenze proteiche, la versione modificata di esso è stata in grado di confrontare anche le sequenze di DNA. Qui, questo software utilizza il principio di trovare statisticamente la somiglianza tra due sequenze. Abbina una sequenza del DNA o della proteina con un' altra sequenza mediante il metodo di allineamento della sequenza locale.
Figura 02: FastA
Tuttavia, cerca le regioni locali per la somiglianza, ma non la migliore corrispondenza tra due sequenze. Poiché questo software confronta a volte le somiglianze localizzate, può anche presentare discrepanze. In una sequenza, FastA prende una piccola parte nota come k-tuple, dove le tuple possono essere da 1 a 6 e corrisponde alle k-tuple dell' altra sequenza. Al termine del processo di abbinamento, quando raggiunge un valore di soglia, produce il risultato.
Quali sono le somiglianze tra BLAST e FastA?
- BLAST e FastA sono strumenti bioinformatici utilizzati per confrontare sequenze di proteine e DNA per somiglianze.
- Inoltre, entrambi i programmi utilizzano una strategia di punteggio per fare confronti tra le sequenze.
- Inoltre, entrambi gli strumenti producono risultati estremamente accurati.
Qual è la differenza tra BLAST e FastA?
BLAST è uno strumento per verificare la somiglianza tra le sequenze biologiche. D' altra parte, FastA è un altro programma che facilita il controllo della somiglianza delle sequenze di proteine e DNA. Tuttavia, rispetto a FastA, il software BLAST è molto popolare poiché produce risultati più accurati e veloci. Quindi, questa è la differenza tra BLAST e FastA. Inoltre, a differenza di FastA, il programma BLAST è modificabile a seconda delle esigenze dell'utente. Pertanto, questa è un' altra differenza tra BLAST e FastA.
L'infografica qui sotto sulla differenza tra BLAST e FastA fornisce maggiori dettagli.
Riepilogo – BLAST vs FastA
BLAST e FastA sono due programmi che consentono all'utente di confrontare la sua sequenza di query con le sequenze nei database esistenti e di verificarne le somiglianze. Lo scopo iniziale di FastA era confrontare solo le sequenze proteiche. Tuttavia, la versione modificata di questo software facilita il confronto delle sequenze di proteine e DNA. Sebbene FastA sia un buon software, la maggior parte delle persone utilizza lo strumento di allineamento BLAST poiché è più popolare e produce risultati più accurati e veloci rispetto a FastA. Inoltre, lo strumento BLAST è modificabile in base alle esigenze dell'utente. In breve, questo riassume la differenza tra BLAST e FastA.
