La differenza fondamentale tra FASTA e FASTQ è che FASTA è un formato testuale che memorizza solo sequenze nucleotidiche o proteiche, mentre FASTQ è un formato testuale che memorizza sia la sequenza che i valori di qualità della sequenza associati.
La bioinformatica è un campo che utilizza diversi software per analizzare e comprendere i dati biologici, soprattutto quando l'insieme di dati è complesso e di grandi dimensioni. Questo campo combina biologia, chimica, fisica, informatica, ingegneria dell'informazione, matematica e statistica per analizzare e interpretare i dati biologici. FASTA e FASTQ sono due formati di rappresentazione di sequenza nel campo della bioinformatica per allineare e analizzare le sequenze. In effetti, FASTQ è un formato di file di sequenza che estende il formato FASTA con la capacità di memorizzare la qualità della sequenza.
Cos'è FASTA?
FASTA è un software di allineamento per sequenze di DNA e proteine. Il software FASTA utilizza il formato FASTA. È un formato basato su testo che rappresenta sequenze nucleotidiche o sequenze di amminoacidi (proteine). Qui, i codici a lettera singola rappresentano entrambe queste sequenze. FASTA è uno strumento importante nei campi della bioinformatica e della biochimica. Questo formato consente ai nomi e ai commenti delle sequenze di precedere le sequenze.
Figura 01: Sequenza FASTA
Questo formato ha origine dal software FASTA ed è stato introdotto da David J. Lipmann e William R. Pearson nel 1985. Lo strumento FASTA ha subito molte modifiche nel tempo e l'ultima versione consiste in programmi per proteine: proteine, DNA:DNA, proteina:DNA tradotto (con frameshift) e ricerche peptidiche ordinate o non ordinate. FASTA legge una determinata sequenza di nucleotidi o amminoacidi e cerca il database di sequenza corrispondente utilizzando l'allineamento di sequenza locale per trovare corrispondenze di sequenze di database simili.
Cos'è FASTQ?
FASTQ è un software di allineamento utilizzato nel campo della bioinformatica, che memorizza sia una sequenza biologica (solitamente una sequenza nucleotidica) che i relativi punteggi di qualità. FASTQ è stato originariamente sviluppato per raggruppare una sequenza formattata FASTA e i relativi dati sulla qualità dal Wellcome Trust Sanger Institute. Con lo sviluppo nel campo della bioinformatica, FASTQ è diventato lo standard de facto per la memorizzazione dell'output di molti strumenti di sequenziamento ad alto rendimento.
Il formato FASTQ utilizza quattro diverse righe per sequenza. La riga 1 inizia con il carattere @ ed è seguita da un identificatore di sequenza (simile a una riga del titolo FASTA). La riga 2 è composta da lettere di sequenza grezze. Nella riga 3, la sequenza inizia con un carattere "+" ed è facoltativamente seguita dallo stesso identificatore di sequenza. La riga 4 codifica i valori di qualità per la sequenza nella riga 2 e dovrebbe essere composta dallo stesso numero di simboli delle lettere nella sequenza.
Quali sono le somiglianze tra FASTA e FASTQ?
- FASTA e FASTQ sono strumenti di allineamento.
- Sono due formati di rappresentazione di sequenza.
- Entrambi sono legati al campo della bioinformatica.
- Sia FAST che FASTQ sono strumenti importanti per scopi di archiviazione e sequenziamento.
- FASTQ è un'estensione del formato FASTA con la capacità di memorizzare la qualità della sequenza.
Qual è la differenza tra FASTA e FASTQ?
FASTA è un formato basato su testo che memorizza solo sequenze nucleotidiche o proteiche, mentre FASTQ è un formato basato su testo che memorizza sia la sequenza che i valori di qualità della sequenza associati. Pertanto, questa è la differenza chiave tra FASTA e FASTQ. Inoltre, FASTA memorizza i frammenti di sequenza dopo la mappatura, mentre FASTQ memorizza i frammenti di sequenza prima della mappatura. Inoltre, un' altra differenza tra FASTA e FASTQ è che FASTA consiste in una riga di descrizione e FASTAQ consiste in quattro righe.
L'infografica qui sotto presenta le differenze tra FASTA e FASTQ in forma tabellare per un confronto fianco a fianco.
Riepilogo – FASTA vs FASTQ
La bioinformatica utilizza diversi formati di sequenze come FASTA e FASTQ, ecc. FASTA memorizza i frammenti di sequenza dopo essere stati mappati mentre FASTQ memorizza i frammenti di sequenza prima di mappare. FASTA è un software di allineamento per sequenze di DNA e proteine. Consiste in programmi per proteine:proteine, DNA:DNA, proteine:DNA tradotto (con frameshift) e ricerche peptidiche ordinate o non ordinate. FASTQ è un software di allineamento utilizzato nel campo della bioinformatica e memorizza sia una sequenza biologica (solitamente sequenza nucleotidica) che i relativi punteggi di qualità. FASTA è costituito da una riga di descrizione e FASTQ è composto da quattro righe. Quindi, questo riassume la differenza tra FASTA e FASTQ.
