La differenza chiave tra il profilo del polisoma e il profilo del ribosoma è che il profilo del polisoma analizza il comportamento del ribosoma utilizzando sia il ribosoma che l'mRNA (polisoma) durante la traduzione, mentre il profilo del ribosoma analizza il comportamento del ribosoma solo utilizzando la sequenza dell'mRNA durante la traduzione.
La traduzione è la seconda fase della sintesi proteica che converte le informazioni nell'mRNA in una sequenza di amminoacidi. La traslatomica è uno studio di ORF (riquadri di lettura aperti) che sono attivamente tradotti in una cellula di un organismo. Le tecniche di profilazione del polisoma e del ribosoma sono due tipi di tecniche nel campo della biologia molecolare per valutare e dedurre diversi parametri nel contesto dell'analisi del traslatoma.
Cos'è la profilatura dei polisomi?
Il profilo del polisoma è una tecnica che deduce lo stato di traduzione di uno specifico mRNA analizzando il comportamento sia del ribosoma che dell'mRNA (polisoma). In altre parole, questa tecnica fornisce dati e conclusioni sull'associazione degli mRNA con i ribosomi. Il polisoma si riferisce al gruppo di ribosomi legati a un mRNA che è presente durante la fase di allungamento della traslazione.
Figura 01: Profilatura dei polisomi
Il profilo del polisoma richiede il lisato cellulare, che viene poi centrifugato. Il campione centrifugato viene quindi separato in base alla loro densità per caratterizzare le subunità piccole e grandi dei ribosomi e il corrispondente mRNA coinvolto nella formazione del polisoma. Inoltre, il processo prevede anche la misurazione della densità ottica. Gli esperti sono tenuti a eseguire la profilatura dei polisomi.
La tecnica di profilatura del polimero è uno strumento importante per molte applicazioni. Gli scienziati usano questa tecnica per studiare il grado di traduzione nelle cellule. Più in particolare, è uno strumento per fornire informazioni accurate sullo studio delle singole proteine e dei loro specifici mRNA. Nel contesto dello studio del grado di traduzione di un particolare mRNA, la tecnica di profilazione del polisoma è fondamentale. Qui, le sequenze 3' e 5' di un mRNA possono essere studiate con riferimento ai loro effetti sulla quantità di mRNA prodotta e sul livello di traduzione.
Cos'è il profilo del ribosoma?
Il profilo del ribosoma è una tecnica che analizza il comportamento del ribosoma rispetto al suo mRNA durante la traduzione. Questa tecnica è stata trovata e sviluppata da Joan Steitz e Marilyn Kozak. Successivamente questa tecnologia è stata ulteriormente sviluppata da due scienziati, Nicholas e Jonathan, in combinazione con il sequenziamento di nuova generazione, che ha portato allo sviluppo di diverse tecniche correlate come la metodologia Translating Ribosome Affinity Purification (TRAP).
Figura 02: Sequenziamento dei ribosomi
La procedura di profilazione dei ribosomi prevede l'isolamento dell'mRNA, la rimozione dell'RNA che non è legato ai ribosomi e la separazione dell'mRNA legato ai ribosomi. Seguendo questa procedura, l'isolato di mRNA viene trascritto inversamente e avviene la sintesi del cDNA. Infine, i dati di sequenza possono essere allineati con il profilo traslazionale per dedurre le caratteristiche del comportamento del ribosoma rispetto all'mRNA.
Il profilo del ribosoma aiuta molti ricercatori a identificare e dedurre la posizione dei siti di inizio della traduzione, il complemento dei frame di lettura aperti (ORF) tradotti in una cellula o in un tessuto, la distribuzione dei ribosomi sull'mRNA e il tasso di tradurre i ribosomi. Il profilo del ribosoma è anche noto come footprinting del ribosoma o Ribo Seq.
Quali sono le somiglianze tra la profilatura dei polisomi e la profilatura dei ribosomi?
- Il profilo di polisomi e ribosomi sono tecniche di biologia molecolare importanti nella ricerca.
- Forniscono informazioni sul processo di traduzione.
- Entrambi i processi di profilazione forniscono dati attraverso l'analisi del traslatomo.
- Sono necessari esperti professionisti per eseguire entrambe le tecniche per ottenere risultati accurati.
- Gli strumenti di bioinformatica svolgono un ruolo importante in entrambe le tecniche.
Qual è la differenza tra la profilatura dei polisomi e la profilatura dei ribosomi?
Il profilo del polisoma analizza il comportamento del ribosoma utilizzando sia il ribosoma che l'mRNA (polisoma) durante la traduzione, mentre il profilo del ribosoma analizza il comportamento del ribosoma solo utilizzando la sequenza dell'mRNA durante la traduzione. Pertanto, questa è la differenza chiave tra il profilo del polisoma e il profilo del ribosoma. Inoltre, il profilo del polisoma coinvolge tecniche come la centrifugazione in gradiente di densità e le misurazioni della densità ottica, mentre il profilo del ribosoma coinvolge l'estrazione di mRNA e tecniche di sequenziamento. Inoltre, il profilo del ribosoma è più accurato del profilo del polisoma.
L'infografica di seguito presenta le differenze tra la profilatura dei polisomi e dei ribosomi in forma tabellare per un confronto affiancato.
Riepilogo – Profilatura dei polisomi vs Profilatura dei ribosomi
La traduzione è la seconda fase della sintesi proteica che prevede la conversione delle informazioni sulla sequenza di mRNA in una sequenza di amminoacidi. Questo processo richiede un modello di mRNA, ribosomi, amminoacidi, tRNA e altri fattori. Il profilo del polisoma e del ribosoma sono due tecniche molecolari. Il profilo del polisoma analizza il comportamento del ribosoma utilizzando sia il ribosoma che l'mRNA (polisoma) durante la traduzione, mentre il profilo del ribosoma analizza il comportamento del ribosoma solo utilizzando la sequenza dell'mRNA durante la traduzione. La profilazione dei polisomi coinvolge tecniche come la centrifugazione in gradiente di densità e le misurazioni della densità ottica. Il profilo del ribosoma coinvolge tecniche come l'estrazione di mRNA, la sintesi di cDNA e il sequenziamento. Quindi, questo riassume la differenza tra il profilo del polisoma e il profilo del ribosoma.
