Differenza chiave: gel impilabile e gel separatore
I termini gel di impilamento e gel di separazione sono usati per spiegare la tecnica SDS-PAGE. L'elettroforesi su gel SDS-PAGE o sodio dodecil solfato-poliacrilammide è una tecnica di laboratorio utilizzata per separare le molecole proteiche in base al loro peso molecolare. La teoria alla base della tecnica è che le proteine con pesi molecolari differenti mostrano differenti velocità di migrazione; le molecole a basso peso molecolare migrano più velocemente mentre le molecole ad alto peso molecolare migrano lentamente. Il mezzo per la migrazione è un gel. Esistono due tipi di gel denominati gel impilabile e gel separatore. Il differenza fondamentale tra il gel di impilamento e il gel di separazione è quello il pH del gel di impilamento è 6,8 mentre il pH del gel di separazione è 8,8.
Cos'è il gel impilabile?
Il gel impilabile è un gel di poliacrilammide a bassa concentrazione che viene posizionato sulla parte superiore del gel risolutivo più concentrato (gel di separazione) nella tecnica SDS-PAGE. Il gel di impilamento viene utilizzato per migliorare la risoluzione dell'elettroforesi. La risoluzione aumenta a causa della differenza tra le concentrazioni di gel di impilamento e gel di risoluzione che influiscono sulle proteine nel campione. Poiché la concentrazione di poliacrilammide nel gel di impilamento è bassa, la dimensione dei pori è maggiore. Questo aiuta anche ad aumentare la separazione.
Il gel impilabile è un gel di poliacrilammide sciolto con pori dilatati di circa il 7% di poliacrilammide. Questi pori non agiscono come una barriera considerevole per le grandi molecole proteiche. Quindi questo gel influisce leggermente sulla mobilità di quelle proteine. Questo effettua la separazione in base alla mobilità e alla dimensione delle proteine concentrandole tra due gel.
Figura 01: Gel acrilammide SDS-PAGE
Il pH del gel di impilamento è 6,8. Il suo pH è acido rispetto a quello del gel risolvente di 2 unità di pH. Questo pH implica una minore forza ionica quindi una maggiore resistenza elettrica. Ciò provoca la mobilità delle proteine rispetto ad altre particelle cariche presenti nel gel.
Cos'è il gel separatore?
Il gel separatore o gel risolutivo di una tecnica SDS-PAGE è un gel di poliacrilammide altamente concentrato che viene posizionato sopra un gel impilabile a bassa concentrazione. Il gel di separazione contiene un'elevata quantità di poliacrilammide (10%). Il pH di questo gel viene mantenuto a pH=8,8, che è un livello di pH più alto di quello del gel impilabile.
Figura 02: Un apparecchio per elettroforesi su gel
Quando le molecole proteiche raggiungono il gel separatore, la migrazione di tali molecole viene rallentata perché il gel separatore è un gel ad alta concentrazione con una piccola dimensione dei pori che può fungere da notevole barriera per il movimento delle molecole proteiche. Questo rallentamento consente alle altre proteine che stanno migrando lentamente di recuperare il ritardo, risultando in una banda stretta e concentrata tra i due gel.
Qual è la relazione tra gel impilabile e gel separatore?
Nello stesso apparato vengono utilizzati entrambi i tipi di gel impilatore e gel separatore
Qual è la differenza tra il gel impilabile e il gel separatore?
Gel impilabile e gel separatore |
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| Il gel impilabile è un gel di poliacrilammide a bassa concentrazione che viene posizionato sopra un gel risolutivo più concentrato (gel di separazione) nella tecnica SDS-PAGE. | Il gel separatore o il gel risolutivo di una tecnica SDS-PAGE è un gel di poliacrilammide altamente concentrato che viene posizionato sopra un gel impilabile a bassa concentrazione. |
| Posizionamento | |
| Il gel di impilamento viene posizionato sul gel di risoluzione (separatore). | Il gel separatore viene posizionato sul fondo del contenitore utilizzato per l'elettroforesi su gel. |
| Concentrazione | |
| La concentrazione di gel impilabile è alta. | La concentrazione di gel separatore è bassa. |
| Contenuto di poliacrilammide | |
| Il gel impilabile contiene circa il 7% di poliacrilammide. | Il gel separatore contiene circa il 10% di poliacrilammide. |
| pH | |
| Il pH del gel impilabile è 6,8. | Il pH del gel di separazione è 8,8. |
| Dimensione dei pori | |
| Nel gel impilabile sono presenti pori di grandi dimensioni. | Nel gel di separazione sono presenti pori di piccole dimensioni. |
| Risoluzione | |
| Il gel impilabile offre una migliore risoluzione. | Il gel di separazione dà una scarsa risoluzione. |
Riepilogo – Gel impilabile vs Gel separatore
Il gel di impilamento e il gel di separazione sono due tipi di gel di poliacrilammide utilizzati per ottenere una migliore separazione delle molecole proteiche in un determinato campione. La differenza tra il gel di impilamento e il gel di separazione è che il pH del gel di impilamento è 6,8 mentre il pH del gel di separazione è 8,8.
