La differenza chiave tra la PCR di consenso e la PCR pan è che la PCR di consenso mira sempre alle regioni conservate mentre la PCR Pan mira a regioni variabili per identificare diversi ceppi di un gruppo
La reazione a catena della polimerasi (PCR) è una tecnica di amplificazione genica che consiste in tre fasi principali come denaturazione, ricottura ed estensione. Questo è ampiamente utilizzato nella diagnostica e nell'identificazione molecolare. Le tecniche Consensus PCR e Pan PCR si basano sui primer target utilizzati da ciascun tipo di PCR.
Cos'è il Consensus PCR?
Consensus PCR è una tecnica PCR che mira a una regione conservata per una particolare specie o genere. Pertanto, le regioni altamente conservate vengono scelte per l'amplificazione. Attraverso questo metodo, gli organismi possono essere identificati e distinti in base al loro consenso. Questo metodo identifica una regione conservata per una specie particolare. Ad esempio, la regione 16s rRNA dei batteri rimane una regione conservata tra i batteri. Pertanto, per l'amplificazione è necessario un solo set di primer. Nella maggior parte dei casi, è possibile utilizzare un primer universale specifico per la regione conservata.
Figura 01: Tecnica PCR
Seguendo un metodo PCR di consenso, è possibile dedurre la caratterizzazione delle specie e le relazioni evolutive. Sulla base dell'efficienza di amplificazione del particolare organismo campione, si può anche dedurre il consenso dell'organismo nei confronti del gruppo. Inoltre, condurre una PCR di consenso è vitale negli studi filogenetici. Consente l'identificazione di una specie e interpreta la deviazione mostrata dal particolare organismo nei termini dell'antenato comune.
Cos'è la Pan PCR?
A Pan PCR è una modalità multiplexing della PCR. In questa tecnica, diversi ceppi vengono amplificati utilizzando vari target di primer. Gli obiettivi, tuttavia, possono essere obiettivi comuni per i gruppi di ceppi. Pertanto, in Pan PCR, è possibile utilizzare più di due set di primer contemporaneamente. Può avvenire in un metodo di reazione a provetta singola o come metodo di reazione a provette multiple. La Pan PCR richiede più tempo e più complessa rispetto a una PCR di consenso. Per questo motivo, l'interpretazione dei risultati della PCR può anche essere più complessa nella Pan PCR.
L'applicazione principale della Pan PCR è nella diagnostica molecolare. Consente di distinguere tra diversi ceppi di una specie mediante l'amplificazione del bersaglio. La Pan PCR è una tecnica ideale per identificare diversi ceppi di una singola specie che causano una malattia. Nella maggior parte dei casi, l'automazione delle tecniche di Pan PCR per varie condizioni di salute è molto importante ed è una tecnica affidabile e altamente efficiente.
Quali sono le somiglianze tra Consensus PCR e Pan PCR?
- Consensus PCR e Pan PCR sono due tipi di tecniche PCR.
- Entrambe le procedure seguono la procedura generale in tre fasi: denaturazione, ricottura ed estensione.
- Usano primer specifici per target.
- Entrambe le reazioni hanno luogo in un termociclatore.
- Queste reazioni possono essere automatizzate.
- Entrambi possono essere utilizzati nella diagnostica molecolare e nell'identificazione; tuttavia, la precisione varia.
- Queste procedure richiedono la convalida.
Qual è la differenza tra Consensus PCR e Pan PCR?
Sia Consensus che Pan PCR seguono la stessa procedura di routine. Tuttavia, la differenza chiave tra PCR consenso e Pan PCR si basa sugli obiettivi di primer utilizzati da ciascuna procedura. Mentre la PCR di consenso mira sempre alle regioni conservate, una Pan PCR mira a regioni variabili per identificare diversi ceppi di un gruppo. A causa di questa differenza, i protocolli di progettazione dei primer, il numero di set di primer utilizzati e le applicazioni specifiche variano.
L'infografica qui sotto riassume la differenza tra Consensus PCR e Pan PCR.
Riepilogo – Consensus PCR vs Pan PCR
La PCR, introdotta da Mulli, svolge un importante ruolo rivoluzionario nelle applicazioni di biologia molecolare. Consensus e Pan PCR sono due tipi di PCR basati sulle loro regioni target di primer. Mentre la PCR di consenso prende di mira le regioni conservate, la Pan PCR prende di mira le regioni variabili e svolge un ruolo importante nell'identificazione del ceppo. A causa di questa differenza fondamentale tra la PCR di consenso e la Pan PCR, le funzioni specifiche di ciascun tipo di PCR variano anche dall'analisi filogenetica alla caratterizzazione molecolare alla diagnostica molecolare.
