La differenza chiave tra primer e promotore è che il primer è una breve sequenza di DNA sintetizzata commercialmente che viene utilizzata nella PCR per l'amplificazione di una sequenza di DNA bersaglio mentre il promotore è una sequenza di DNA specifica che fornisce un sito di legame iniziale sicuro per l'RNA polimerasi e fattori di trascrizione per avviare la trascrizione.
Primer e promotore sono due tipi di sequenze di DNA. Il primer è un piccolo frammento di DNA necessario per la reazione a catena della polimerasi (PCR). Ha brevi sequenze nucleotidiche complementari all'estremità fiancheggiante del filamento di DNA. Esistono due tipi di primer e funzionano come punti di partenza per la sintesi di nuovi filamenti di DNA. Al contrario, un promotore è una specifica sequenza di DNA situata a monte del sito di inizio della trascrizione di un gene. Interagisce direttamente con i componenti del meccanismo di trascrizione come l'RNA polimerasi e i fattori di trascrizione per controllare la trascrizione del DNA. Pertanto, l'RNA polimerasi e altri fattori di trascrizione si legano alla sequenza del promotore e avviano la trascrizione.
Cos'è un Primer?
I primer sono brevi sequenze di DNA progettate per l'amplificazione di sequenze di DNA bersaglio. Strutturalmente, possiedono brevi sequenze nucleotidiche complementari alle estremità fiancheggianti dei doppi filamenti di DNA. Di solito sono lunghi circa 20 nucleotidi. Durante la PCR, la Taq polimerasi catalizza l'aggiunta di nucleotidi nella sequenza nucleotidica preesistente. Quindi, i primer servono come punti di partenza per la sintesi di nuovi filamenti. La Taq polimerasi funziona solo nella direzione da 5' a 3'. Quindi, anche la sintesi del DNA avviene nella stessa direzione da 5' a 3'. Poiché il DNA è a doppio filamento, nella PCR sono necessari due tipi di primer. Sono conosciuti come primer forward e reverse primer, in base alla direzione dell'allungamento del primer durante la sintesi del DNA.
Figura 01: Primer
Il primer in avanti si ricopre con il filamento di DNA antisenso e avvia la sintesi del filamento + del gene nella direzione da 5' a 3'. Ha una breve sequenza nucleotidica che è complementare all'estremità fiancheggiante 3' del filamento antisenso. Il primer inverso si ricopre con il filamento di senso e avvia la sintesi di un filamento complementare del filamento codificante, che è: un filamento del gene nella direzione da 5'a 3'. Pertanto, il primer inverso è progettato complementare all'estremità 3' del filamento di codifica. Sia i primer inversi che quelli diretti sono importanti per la produzione da milioni a miliardi di copie di particolari regioni di DNA che sono prese di mira o interessate.
Cos'è un promotore?
Il promotore è una sequenza di DNA situata a monte o all'estremità 5′ del sito di inizio della trascrizione di un gene. Fornisce un sito di legame per l'RNA polimerasi e alcuni elementi regolatori al fine di avviare la trascrizione del gene. È una sequenza regolatoria necessaria per attivare o disattivare un gene. C'è una specifica sequenza nucleotidica nel promotore. Può avere 100–1000 coppie di basi. Il promotore mostra la direzione della trascrizione. Inoltre, indica il filo di senso che dovrebbe essere trascritto.
Figura 02: Promotore di un gene
Ci sono tre tipi di elementi promotori come promotore principale, promotore prossimale e promotore distale. Il promotore principale è la porzione minima del promotore richiesta per avviare la trascrizione. Si trova più prossimalmente al codone di inizio. La scatola TATA è una regione conservata che si trova in molti promotori del nucleo eucariotico. Si trova da 25 a 35 paia di basi a monte del sito di inizio della trascrizione. Il promotore prossimale si trova più a monte del promotore principale. Generalmente, si trova 250 paia di basi a monte del codone di inizio e contiene elementi regolatori primari. Il promotore distale si trova a monte del promotore prossimale e contiene ulteriori elementi regolatori. I promotori batterici hanno due brevi elementi di sequenza nei loro promotori. TATAAT è la sequenza consenso situata a -10 del promotore batterico mentre TTGACA è la sequenza consenso a -35. Sono conosciuti come elemento -10 e elemento -35.
Quali sono le somiglianze tra Primer e Promoter?
- Il primer e il promotore sono due tipi di sequenze di DNA.
- Sono costituiti da sequenze nucleotidiche.
- Sia il primer che il promotore sono importanti per l'espressione genica.
Qual è la differenza tra Primer e Promoter?
Primer è una breve sequenza nucleotidica progettata per l'amplificazione del DNA bersaglio. Al contrario, il promotore è una specifica sequenza di DNA regolatorio che si trova a monte del sito di inizio della trascrizione di un gene. Quindi, questa è la differenza chiave tra primer e promotore. I primer sono lunghi circa 20 paia di basi mentre il promotore può avere 100 -1000 paia di basi. Funzionalmente, i primer servono come sequenze di partenza per la sintesi del nuovo filamento, mentre i promotori controllano la trascrizione genica fornendo siti di legame per l'RNA polimerasi e altri fattori di trascrizione.
Inoltre, un promotore è definito come la direzione della trascrizione e indica il filamento sensoriale di un gene. Strutturalmente, il primer è una breve sequenza di DNA a singolo filamento mentre il promotore è una lunga sequenza di DNA a doppio filamento.
L'infografica sottostante elenca più confronti relativi alla differenza tra primer e promotore.
Riepilogo – Primer vs Promoter
I primer sono brevi sequenze nucleotidiche complementari alle estremità fiancheggianti del doppio filamento di DNA bersaglio. Nella PCR vengono utilizzati due tipi di primer. Servono come sequenze di partenza per la sintesi di nuovi filamenti. I primer sono progettati commercialmente e sono sequenze stabili alla temperatura. D' altra parte, il promotore è una sequenza regolatoria di un gene situato a monte del sito di inizio della trascrizione. I promotori controllano la trascrizione dei geni. Forniscono siti di legame per l'RNA polimerasi e fattori di trascrizione per avviare la trascrizione. Quindi, questo è il riassunto della differenza tra primer e promotore.
