La differenza fondamentale tra contig e scaffold è che un contig non ha spazi vuoti mentre uno scaffold è costituito da contig e spazi vuoti.
Il sequenziamento del genoma di organismi multicellulari è molto difficile rispetto al sequenziamento di organismi unicellulari. Il sequenziamento dell'intero genoma è una tecnica di sequenziamento del genoma facile e veloce per i genomi multicellulari. È un metodo che sequenzia in parallelo molti frammenti di DNA sovrapposti. In questo metodo, piccoli frammenti vengono assemblati in frammenti più grandi e quindi in contig più grandi utilizzando un computer. Quindi i contig vengono assemblati in scaffold e infine in un cromosoma. Pertanto, contig è un tratto continuo di sequenze nucleotidiche mentre scaffold è una porzione del genoma costituita da contig e lacune. Sia il contig che lo scaffold sono sequenze genomiche ricostruite.
Cos'è Contig?
Contig è una sequenza genomica. È un tratto continuo di sequenze composte da basi A, C, G e T. Si forma mettendo insieme diversi piccoli frammenti di DNA sovrapposti in una sequenza più lunga. In parole semplici, contig è un assemblaggio di un insieme di frammenti di sequenza. La creazione di contig implica l'identificazione di frammenti di sequenza sovrapposti in base a metodi di corrispondenza e allineamento di stringhe locali che identificano le estremità sovrapposte delle sequenze.
Contigs non ha spazi vuoti. È una parte di un'impalcatura. I contig sono incatenati durante la creazione di un'impalcatura. Richiede ulteriori informazioni sulla posizione relativa e sull'orientamento dei contig nel genoma. Gli spazi vuoti separano i contigs in un'impalcatura. Fondamentalmente, l'assemblaggio del contig è un passaggio importante nel sequenziamento del fucile a pompa dell'intero genoma. I contig vengono infine assemblati in una sequenza genomica completa. L'assemblaggio di contig in genere richiede la comprensione degli algoritmi nella corrispondenza delle stringhe e nell'allineamento delle sequenze.
Cos'è un'impalcatura?
Uno scaffold è una sequenza genomica ricostruita da cloni di fucile da caccia dell'intero genoma sequenziati alla fine. Strutturalmente, un'impalcatura è costituita da contigs e spazi vuoti. Pertanto, gli scaffold vengono creati concatenando insieme contigs e separandoli da spazi vuoti. La creazione dello scaffold richiede informazioni sulla posizione relativa e l'orientamento dei contigs nel genoma. L'assemblaggio del fucile a genoma intero mira a rappresentare ogni sequenza genomica in un'unica impalcatura. Ma non è del tutto possibile. Quindi, un cromosoma può essere rappresentato da più scaffold. A volte le impalcature possono sovrapporsi. Inoltre, durante il montaggio è possibile filtrare alcuni ponteggi.
Figura 02: Panoramica dell'assemblaggio di fucili a genoma intero
La lunghezza di un varco di un'impalcatura non mostra la sua vera lunghezza. In genere, gli spazi vuoti sono impostati arbitrariamente su determinate lunghezze fisse. Quindi, queste lacune e incertezze nella loro lunghezza creano problemi nella comprensione delle vere relazioni spaziali degli elementi funzionali nei genomi e dell'effettiva portata delle informazioni mancanti. A volte le lacune rappresentano informazioni genomiche mancanti.
Quali sono le somiglianze tra Contig e Scaffold?
- Contig e scaffold sono sequenze genomiche composte da sequenze nucleotidiche.
- Gli scaffold sono composti da contigs e spazi vuoti.
Qual è la differenza tra Contig e Scaffold?
Un contig è una sequenza continua assemblata da un insieme di frammenti di sequenza. Al contrario, uno scaffold è una porzione di sequenza genomica ricostruita concatenando insieme contigs. Quindi, questa è la differenza chiave tra contig e scaffold. Inoltre, i contig non hanno spazi vuoti mentre i contig in uno scaffold sono separati da spazi vuoti.
Di seguito l'infografica elenca più differenze tra contig e scaffold.
Riepilogo – Contig vs Scaffold
Sia il contig che lo scaffold sono sequenze nucleotidiche ricostruite in progetti di sequenziamento dell'intero genoma. Contig è un tratto continuo di sequenza genomica contenente basi A, C, G e T senza spazi vuoti. Lo scaffold è una sequenza genomica composta da contigs e lacune. Quindi, i componenti di assemblaggio più brevi sono contigs mentre gli scaffold sono assemblaggi di contigs. Infine, gli scaffold vengono assemblati in cromosomi nel sequenziamento dell'intero genoma. Quindi, questo riassume la differenza tra contig e scaffold.
