La differenza chiave tra dNTP e ddNTP è quella dNTP o deossiribonucleotidi sono i mattoni del DNA e hanno un gruppo 3'-OH sulla struttura dello zucchero pentoso mentre ddNTP o dideossinucleoside trifosfati sono nucleotidi privi del gruppo 3'-OH e loro sono utilizzati nella tecnica di sequenziamento del DNA dideossidico Sanger per produrre sequenze di DNA di diversa lunghezza.
dNTP e ddNTP sono nucleotidi. dNTP si riferisce ai nucleotidi desossiribosio. Sono i mattoni del DNA. I dNTP sono usati per sintetizzare il DNA. dNTP, d' altra parte, si riferisce ai dideossinucleosidi trifosfati. Sono usati nel sequenziamento di Sanger per terminare la sintesi del DNA a diverse lunghezze. Mancano del gruppo OH in posizione 3'. Un idrogeno è presente nella posizione 3' invece del gruppo OH. Pertanto, i ddNTP non sono in grado di formare un legame fosfodiestere con il nucleotide successivo. dNTP è in grado di effettuare la sintesi del DNA, mentre ddNTP è in grado di terminare la polimerizzazione del DNA.
Cos'è dNTP?
dNTP sta per desossiribosio nucleotide o desossiribonucleotide. È l'elemento costitutivo del DNA. Esistono quattro tipi di dNTP. Sono dATP, dTTP, dCTP e dGTP. Sono denominati in base alle basi azotate puriniche o pirimidiniche: Adenina (A), Guanina (G), Timina (T) e Citosina (C).
Figura 01: dNTP
Adenina e guanina sono basi puriniche mentre timina e citosina sono basi pirimidiniche. Lo zucchero pentoso del dNTP è il desossiribosio. C'è anche un gruppo fosfato. Pertanto, dNTP è composto da tre componenti: una base azotata, zucchero desossiribosio e un gruppo fosfato. Questi dNTP si combinano tra loro tramite legami fosfodiestere. Nei dNTP, c'è un gruppo OH attaccato alla posizione 3' dello zucchero pentoso che è necessario per formare un legame con il gruppo fosfato attaccato al carbonio 5' dello zucchero del nucleotide successivo. Poiché tutti i dNTP hanno questo gruppo 3'-OH, sono in grado di sintetizzare ed estendere i filamenti di DNA. Quindi, dNTP funge da unità ripetitiva di base del DNA e della materia chimica dei geni. La sintesi del DNA procede sempre da 5' a 3'.
Cos'è DdNTP?
Il sequenziamento di Sanger è un metodo di sequenziamento del DNA di prima generazione sviluppato da Frederick Sanger e dai suoi college nel 1977. È anche noto come sequenziamento della terminazione della catena o sequenziamento dideossi poiché il principio di base di questo metodo è la terminazione della catena utilizzando i dideossinucleosidi trifosfati (ddNTP). I ddNTP sono nucleotidi utilizzati nel sequenziamento di Sanger. Il sequenziamento di Sanger si basa sull'incorporazione selettiva di ddNTP e sull'interruzione della sintesi del DNA durante la replicazione del DNA in vitro. La specialità dei ddNTP è che mancano del gruppo 3'-OH sullo zucchero pentoso per continuare la formazione del legame fosfodiestere tra il gruppo fosfato di 5' nel nucleotide adiacente. Quindi, una volta che un ddNTP è attaccato al filo in estensione, l'allungamento della catena cessa e termina da quel punto. I ddNTP agiscono come inibitori dell'allungamento della catena della DNA polimerasi durante il metodo di sequenziamento di Sanger.
Figura 02: ddNTP
Ci sono quattro ddNTP: ddATP, ddCTP, ddGTP e ddTTP usati nel sequenziamento di Sanger. Questi nucleotidi bloccano il processo di replicazione del DNA quando vengono incorporati nel filamento di DNA in crescita. Di conseguenza, il sequenziamento di Sanger produce lunghezze variabili di DNA corto. L'elettroforesi su gel capillare viene utilizzata per organizzare questi brevi filamenti di DNA in base alle loro dimensioni su un gel. I ddNTP sono etichettati in modo radioattivo o fluorescente con colori diversi per facilitare l'analisi della sequenza del DNA. Analizzando il gel, è possibile determinare la sequenza nucleotidica del filamento di DNA sconosciuto.
Quali sono le somiglianze tra dNTP e DdNTP?
- Sia dNTP che ddNTP sono usati nel sequenziamento di Sanger.
- Ci sono quattro tipi di dNTP e ddNTP.
- Sono composti da tre componenti: una base azotata, zucchero desossiribosio e gruppi fosfato.
Qual è la differenza tra dNTP e DdNTP?
dNTP è uno dei quattro tipi di deossiribonucleotidi che costituiscono i mattoni del DNA. ddNTP è uno dei quattro tipi di dideossiribonucleoside trifosfati utilizzati nella tecnica di sequenziamento di Sanger. dNTP ha un gruppo 3'-OH sullo zucchero pentoso mentre ddNTP manca del gruppo 3'-OH sullo zucchero pentoso. Pertanto, questa è la differenza chiave tra dNTP e ddNTP. Inoltre, i dNTP effettuano la polimerizzazione del DNA mentre i ddNTP terminano la polimerizzazione del DNA. Quindi, questa è un' altra grande differenza tra dNTP e ddNTP.
L'infografica di seguito elenca le differenze tra dNTP e ddNTP in forma tabellare.
Riepilogo – dNTP vs DdNTP
I dNTP normali sono elementi costitutivi del DNA mentre i ddNTP sono nucleotidi utilizzati nella tecnica di sequenziamento di Sanger. dNTP ha 3'-OH mentre ddNTP manca di 3'-OH. Pertanto, questa è la differenza chiave tra dNTP e ddNTP. Inoltre, dNTP può sintetizzare un filamento di DNA mentre ddNTP può terminare la polimerizzazione del DNA. Pertanto, i ddNTP vengono utilizzati nel sequenziamento di Sanger per produrre diversi filamenti di DNA con lunghezze variabili. Durante il sequenziamento di Sanger, sono inclusi sia dNTP che ddNTP.
